12月15日（日軍佔領第3天）：已放下武器的中國軍警人員3000餘人被集體解赴漢中門外用機槍密集掃射，多人當場遇難。負傷未死者亦與死者屍體同樣遭受焚化。夜，前往魚雷營的中國平民及已解除武裝的中國軍人9000餘人被日軍屠殺。又在寶塔橋一帶屠殺3萬餘人。在中山北路防空壕附近槍殺200人。
12月16日（日軍佔領第4天）中國平民3000餘人被日軍押至煤炭港下游江邊集體射殺。在放生寺、慈幼院避難的400餘中國難民被集體射殺。
12月17日（日軍佔領第5天）所有中國平民奮起反抗可是在日軍槍炮的威脅下還是有人站出來抵抗可是被中島今朝悟用軍刀剁了手腳用汽油活活燒死了，之後日軍挖了大坑把所有手無寸鐵的老百姓推入坑裡集體活埋當日有4600名中國難民包括老人和小孩都被日軍活埋。
12月18日（日軍佔領的第6天）夜，下關草鞋峽。日軍將從南京城內逃出被拘囚於幕府山的中國難民男女老幼共57418人，除少數已被餓死或打死，全部用鉛絲捆紮，驅集到下關草鞋峽，用機槍密集掃射，並對倒臥血泊中尚能呻吟掙扎者以亂刀砍戮。事後將所有屍骸澆以煤油焚化，以毀屍滅跡。此次屠殺僅有伍長德一人被焚未死，得以逃生。大方巷難民區內日軍射殺4000餘人。
日軍侵佔南京期間強姦了成千上萬的婦女，他們不分晝夜並在受害婦女的家人面前施行強暴。有些婦女被日軍強姦了好幾次，往往有婦女受不住日軍的折磨而死。除此之外，日軍還強迫亂倫行為。估計當時發生的強暴案可能超過20000宗。
中華民族在經歷這場血淚劫難的同時，中國文化珍品也遭到了大掠奪。據查，日本侵略者佔領南京以後，派出特工人員330人、士兵367人、苦工830人，從1938年3月起，花費一個月的時間，每天搬走圖書文獻十幾卡車，共搶去圖書文獻88萬冊，超過當時日本最大的圖書館東京上野帝國圖書館85萬冊的藏書量。
搶劫和縱火造成嚴重財產損失。南京國際救濟委員會的報告稱：“南京31%的建築被燒燬；店鋪被毀比例更高；日軍損毀及搶劫造成高達1億法幣的直接損失；南京周邊公路沿線的農村地區被洗劫殆盡，並陷入缺少種子、牲畜、勞力和工具的困境中，播種的糧食作物僅為平常年份的10%。
對於日軍在全城縱火造成的嚴重後果，據國際委員會委員斯邁思所作調查統計：全市房屋，有24%毀於縱火焚燒；城外有62%的房屋被燒燬，通濟門外被燒房屋高達78%；在江寧、句容、溧水、江浦和六合（半縣）四個半縣中，共有萬間房屋被毀，佔這些地區房屋總數的40%，其中多數是被燒燬的
據調查罪行委員會共獲得500餘份資料，其內容涉及日軍在南京的屠殺、傷害、姦淫、劫奪、破壞、強制服役等及中島、長谷川等29支日軍部隊罪行總數達295882種。