混沌分裂者（The Chaos Insurgency）
概述：混沌分裂者是從基金會分裂出去的一個集團，在1924年由一夥攜帶數個SCP物品擅離職守的叛亂分子所建立。在那之後，分裂者成為了世界舞臺上的一個重要角色，為了自身利益和鞏固全球權力基礎而使用所佔有的異常。分裂者除了交易異常以外，也從事武器流通和情報收集業務。
它利用貧窮髮展中國家的威權體制，經常像基金會對待D級人員那樣使用它們的人口。因此，它有意使這些國家保持貧窮和戰爭狀態，這樣它便能繼續進行激進的實驗，輕易地徵集兵員，以及和反對派進行有利可圖的業務。
分裂者所持有的大部分異常物品目前未知。在這所有專案中最值得注意的有“赫爾墨斯之杖”，它可以改變任何所觸及物質的理化性質；以及“熵之鐘”，取決於所敲擊的地方，它可以造成各種破壞性影響。這兩件物品最初都由基金會花費不小的成本來獲得，但卻被分裂者的創始人給偷走。
從基金會偷走的SCP專案和其他異常通常具有高潛在性的直接效用，但分裂者也會使用具有較低直接應用性的異常，如SCP-884。
分裂者的主要基地和現任領袖目前未知。該組織直接對抗基金會，使用致命武力以阻止基金會對多個異常的收容。基金會過去也被分裂者特工所滲透，導致高價值科研資料遺失、多個異常遭竊以及若干人員死亡。所有人員都應留意來自分裂者的潛在襲擊、恐怖活動和間諜行為，並須向上級通知同事人員所進行的任何符合分裂者行為描述的活動。
芝加哥鬼靈（The Chicago Spirit）
概述：在20世紀早期，芝加哥鬼靈曾是西半球規模最大的異常犯罪組織。該組織總部位於伊利諾斯州芝加哥，而其勢力擴大到了美國大部分主要城市，尤其是紐約、波士頓、新奧爾良以及超維度城邦三波特蘭。鬼靈以招募具有異常能力的個體，以及創造異常人造物並利用於犯罪活動中而聞名。
鬼靈於1895年由芝加哥居民，同時也是酒吧老闆的Richard D. Chappell所創立，他本人即為一個異常個體。儘管努力多年，基金會一直未能成功壓制Chappell的崛起，部分原因為當時持續的內部危機導致資源受限。1919年1月，基金會正式中止所有敵對芝加哥鬼靈的行為以確保共同合作來防止SCP-2680的蔓延。在允許不受阻礙地運營後，鬼靈便蓬勃發展成全國性的辛迪加，最終成為一支在禁酒時期非法分銷酒類的推動力量。
多虧了非法販酒的成功，芝加哥鬼靈在整個1920年代持續積累北美市場與政治上的力量，基金會最終被迫終止與它的休戰協定以防止科學常態的完全崩潰。1933年7月11日，Richard Chappell終於在一次突襲鬼靈基地的行動中被基金會特工逮捕。在沒有領導者的情況下，該集團逐漸失穩，其大多數成員和資產都被其它組織獲得。截至1938年，基金會正式認為芝加哥鬼靈不復存在。
然而，其後幾十年持續有著鬼靈仍然倖存的傳言。已發現多個人造物暗示該集團參與其中，不過尚未證明其中具有毋庸置疑的聯絡。此外，最近有證據顯示出現了自稱“芝加哥幽靈”的新辛迪加，它似乎主要在地下異常社群中活動。正在調查該集團以及它與原先鬼靈之間的關係（若有）。
深紅王之子（The Children of the Scarlet King）
概述：深紅王之子，是一系列與名為“深紅之王”的多功能實體相關的教會、組織、個人或者運動。雖然大多數深紅王之子都共有一套核心信仰，但其組織性質乃至教義，都各表現出非常大的差異。事實證明，基金會因此難以從通常的相關組織中，將其識別出來。
而深紅之王的性質，亦或其是否真實存在，都不得而知。
破碎之神教會（The Church of the Broken God）
概述：在發現並收容SCP-882不久後，數名該“教會”的成員前來並要求歸還“神之心”。該教會由Robert Bumaro領導，其成員為一群狂熱信徒，他們相信許多SCP專案都是“神”在創造宇宙後破碎而成的部分。透過將“神”恢復到完整狀態，他們也將同時獲得神性。自從第一次接觸之後，另外三個“神”的關鍵部件也被暫時證實：SCP-217、SCP-271和SCP-1139。
他們對基金會特工人員具有高度敵意，將之歸為“異教徒”，並試圖消滅基金會特工人員和破壞SCP專案的收容。目前仍不知道他們是如何探測到這些專案的，但他們已對此展現出可怕的準確性。另外，他們表現出抵抗SCP專案心理影響的非凡能力，特別是對SCP-882和它的“心理誘惑”。
該教會被視為對基金會和人類二者的威脅。其成員應被強制拘留，或者由基金會特工採用任何必要手段消滅。
第二海託世教會（Church of the Second Hytoth）
概述：第二海託世教會是一個由人類和外星實體組成的超自然組織，他們信奉地外奧托世（Ortothan）宗教，旨在幫助一個宇宙守護神（“Rakmou-leusan”）對抗宇宙外的威脅（被稱為“Voruteut”）。該宗教的核心信仰是：當前的宇宙，即“第二海託世”，繼承自一個不同的宇宙，後者曾經存在，直到其被一超宇宙實體吞噬。一群倖存者逃到新創造的第二海託世，即我們所在的現實，其中七位選擇榮升為神以確保宇宙的安全。隨著時間的推移，這些神中有六位已經死亡，唯有Rakmou-leusan是最後的倖存者。
教會採取的行動都會在帷幕之下進行，目的可能是為避免常態組織的嚴格審查。這個組織的主要語言是奧托世地外語言（OEL），儘管奧托世教派之間距離遙遠，但這種語言仍異常性保持不變——組織成員把這歸因於神的干預。雖然現代分支只在上個世紀才發展起來，但人類的奧托世信仰體系已知存在於公元前11000年左右，對應著古代奧托世王國文明的形成。與教會分離的奧托世組織確實存在，但相比之下規模都要小得多，且往往具有不同的道德信仰。
除了教會，奧托世宗教還存在於星際和星系間，最初則出現於一個地外文明。已知存在著許多這樣的奧托世文明，其完整內容尚未確定。其中最大的一個是泰爾讓2號奧托世聯盟，它是居住在球狀星團泰爾讓2號中的奧托世實體的集合，與敵對的“十二眾星”文明交戰。已知進入太陽系的唯一的奧托世文明是相關物種-002；當前推測其已滅絕。
異常貨物委員會（Commission on Unusual Cargo）
概述 該組織是現今基金會的前身之一，由東印度公司成立於1623年，目的是收容與保管更加不尋常的貨物。該組織存在到了1649年，在這一年，東印度公司要求委員會使用其貯存的異常貨物，並建立起對數股大規模私掠船隊的軍事優勢，作為回應，這個組織消失了。
隨後，委員會秘密運作，繼續收集物品和實體，直到在1917年和基金會合並。大量異常物品轉移到基金會掌握之中，描述了貨物性質與安全貯存措施的運貨單也由基金會掌握。基金會的檔案員仍在對這些數量龐大的異常歷史的記錄進行審閱與數字化。
在活躍期間，委員會由一個商業官員，Othaniel Trower閣下所領導。未知這是一個有異常長久壽命的個體，還是若干人使用的同一名字。作為組織專員，他得到了理事會八名成員的監視與建議，並指揮大量的員工，包括保管人、保佐人以及其他作業人員。
狄瓦族（The Daevites）
概述：因其內容的異常性質，本檔案中包含的資訊無法得到100%確定的驗證。對所有這類異時溯因果異常，建議在討論或研究狄瓦族相關資訊時始終保持適度懷疑論。
若你在稽核檔案過程中發現有不準確或與基準現實不一致之處，請向你的駐站RAISA代表報告此事。
— Maria Jones，RAISA主管
鹿學院（Deer College）
概覽： 鹿學院是一所男女同校的文科及超自然科學學院，位於風景優美的超維城邦三波特蘭核心區，毗鄰美國西東北和南英格蘭；其全套課程關注於將常規與超自然課程結合，並有一廣受讚譽的異常藝術專業，故常被視為它由GOC資助的同城對手—ICSUT波市分校的文科版。許多異常世界的知名人物都為鹿院校友，包括安德森機器人CEO文森特·安德森、還有反大麻玩家的創始人之一Esther "lesbian_gengar" Kogan。
因與FBI特異事故處訂立的多份合約，基金會在三波特蘭的行動嚴重受限，故鹿學院本身相對不受基金會干預；不過，所有鹿學院校友都應被自動標識為關注人士，可予以基金會強化審查。
Wondertainment博士（Doctor Wondertainment）
概述：Wondertainment博士，不論是個體實體還是組織實體，確有能力製造主題類似於兒童玩具的異常人造物和實體。這些物品和裝置的性質各不相同，但都明確是給兒童使用的。此外，Wondertainment博士還對小小先生這一系列創造物負責，它們是可收集型的異常人形物品。Wondertainment博士在過去曾針對過基金會人員，使他們對基金會的感知變得模糊。請參閱人事檔案以獲得更多資訊。
已猜測它與工廠有聯絡但仍未證實
工廠（The Factory）
概述：關於工廠的已知資訊非常少，對據稱由其經營的設施而進行的探索收效有限，因此尚未得到具體的結論，僅知他們似乎有能力製造異常人造物——並且是以量產技術來進行。
第五教會（The Fifth Church）
這個教會和別的教會相比就像小丑比普通人。表面上有一些相似之處，但那些不對勁的地方被強調和誇大，最後讓你找不出到底是哪裡有問題……當然，它不會蹦出來抓你。但它到底意味著什麼？為什麼它在那裡？如果它召喚你的話又會發生什麼呢？——Dr. █████
概述：第五教會，又稱第五主義教會或第五會社，是一個與娛樂業有緊密聯絡的秘密宗教組織。儘管進行了大量調查，並最終促成了2007年全國收網的“占星師行動”，但關於其教義、活動、成員數目和目標的更多詳情仍未被確認，不過監視表單上已有100個已確認和被懷疑的組織要人和其他突出人物。其起源被鎖定在20世紀中期的多個時間點和北美洲及亞洲的多個位置，不過一些資料顯示其在數世紀前就已存在。
第五教會從未與SCP基金會進行過直接交流，不過它被視為一個敵對勢力。
反大麻玩家（Gamers Against Weed）
概述：“反大麻玩家”是一個由異常個體及其合作者組成的鬆散聯盟，透過生產或獲取異常來達到某些諷刺性意圖和/或自娛自樂。然而，最近他們也開始參與到對左翼政治組織的異常供應中。反大麻玩家主要透過網際網路渠道組織其行動，但有若干與該團體有關的現實地點已被發現和突襲。當前情報表明反大麻玩家正在製造並分銷一組模仿Wondertainment博士“小小先生”系列的異常人形個體，並且它對基金會的行動有所察覺，甚至瞭解基金會的確切性質。
扣留反大麻玩家的成員已證明比預期所想更為困難。該團體的一些組織者確信擁有現實扭曲能力，可能是本身即具備或者是依靠了外部資源。當前行動集中於收容與之相關的異常並對反大麻玩家中最危險的成員進行辨識與分析。