在神聖帝國接任務的主角團，在皇家騎士大本營探秘的奧米加獸和中世紀公爵獸以及原地掛機的混沌軍團……是不是還忘了誰？
沒錯，正是我們的混沌騎士獸及其夥伴們——紅蓮騎士獸與混沌獸，一同踏上了通往神秘未知網域深處的征程。
“終於到了，前方那片能量異常之地便是未知網域的核心所在。”在一片能量極其異常的地方，紅蓮騎士獸停了下來，似乎對這個地方非常熟悉，他凝視著前方，眼神中透露出堅定和自信。
混沌騎士獸心生疑慮地盯著紅蓮騎士獸，不解地問道：“喂，你如此匆忙地帶我們來到此地究竟有何什麼的？能復活老大？”
紅蓮騎士獸深吸一口氣，緩緩解釋道：“這裡隱藏著獲取混沌核心的關鍵所在，我們必須找到方法制造出另一枚混沌核心。要知道，那位身份不明的火焰戰士如今已失去 X 抗體，但我突然想起，你擁有真正的混沌模式，或許能夠替代 X 抗體的力量。”
混沌騎士獸無奈地搖了搖頭，語氣充滿懊惱：“開什麼玩笑！X 抗體內蘊含著創造力，而我的身體內僅僅充斥著毀滅與混沌之力。倘若真混沌模式能夠讓老大重生，我又何必苦等至今？”
“原來如此。”紅蓮騎士獸思考著說。
“哼哼，倒是你……”混沌騎士獸和混沌獸對視一眼，一左一右衝到紅蓮騎士獸面前，語氣裡充滿不善的問：“身為皇家騎士，你應該很討厭未知網域的壓迫感吧？現在怎麼沒有這種反應呢？”
原來和俊風一樣，之前混沌騎士獸在紅蓮騎士獸提到未知網域之時已經意識到他的不對勁了，不過因為要復活自已的老大，就沒有多說什麼，但現在看來複活老大得等一段時間了，於是他問了出來。
“這話說的……”紅蓮騎士獸聳聳肩，裝作無奈的說：“雖然我是皇家騎士，但我可是病毒種數碼獸!”
“病毒種？”混沌騎士獸像是聽到了一個天大的笑話：“病毒種也沒說不討厭深層未知網域的力量啊!”
皇家騎士大本營內氣氛緊張而肅穆。
\"奧米加獸，你這段時間到底跑到哪裡去了！?\" 杜納斯獸心急如焚地趕來，在奧米加獸他們尚未見到世界樹前便高聲呼喊起來。當他瞥見站在一旁的中世紀公爵獸時，原本陰沉的臉色愈發難看，忍不住埋怨道：“這種緊要關頭，你竟然還有心情帶無關人士過來喝茶！”
奧米加獸與中世紀公爵獸交換了一個眼神，面露窘色，試圖敷衍過去：“呃......情況有些複雜，等會兒再詳談吧。世界樹大人那邊出什麼事了嗎？”話音未落，他便欲繞過眼前喋喋不休的杜納斯獸，領著中世紀公爵獸徑直朝會議廳走去。
然而，奧米加獸似乎低估了杜納斯獸執拗的個性。只見杜納斯獸一個箭步橫在他們面前，擋住去路，厲聲道：“如果不把事情交代清楚，你休想踏入半步！再者，難道你忘記了‘無關人員禁止入內’這條規定嗎？”
他指的是中世紀公爵獸，此情此景中世紀公爵獸連忙說：“聽我的聲音，杜納斯獸，你認不出來嗎？”
“嗯？確實有點耳熟……”杜納斯獸思考了起來。
“那傢伙是紅蓮騎士獸。”一個聲音響起，斯雷普獸從旁邊匆匆飛過來，“就別糾結這個問題了，雖然不知道這傢伙為什麼變成這個樣子……還是以後再說吧，現在所有成員都到齊了。”斯雷普獸的言外之意就是要杜納斯獸以大局為重。
顯然，杜納斯獸聽懂了，沒有任何猶豫就放奧米加獸他們透過，自已也進了會議室大門。
“所以我們現在要去未知網域深處？”在聽完熾天使獸的話後，極光忍不住向俊風發問。
“不，孩子。”熾天使獸輕輕搖了搖頭說道：“那裡的情況比較複雜且危險，還是由我們前去吧。”
“是啊。”突然間，一個聲音傳進眾人耳中，原來是柯羅諾獸不知何時走了進來，它接著說道，“未知網域深處最近很不太平，對於你們來說實在太過危險了。等我們的援軍一到，我也可以抽出身來去檢視一番。”
“你們的援軍？”俊風滿臉狐疑地問道。
“難道你們沒有察覺到嗎？相較於以往，這裡已經少了許多歡聲笑語。”柯羅諾獸反過來問俊風。
“經你這麼一說......的確如此，但這不是因為你們下達了禁行令嗎？”俊風若有所思地回答道。
“如果我們的領導者們都還在的話，又何必多此一舉地下達禁行令呢？”熾天使獸插嘴解釋道，“只要等待鍵天使獸、斬天使獸、麗天使獸以及主天使獸歸來就可以了。”
“媽呀……還有這麼多天使……”崗嵐聽的暈乎乎的。
“我們的大部分軍隊都被派往核心地域了，那裡出現了一個硬茬。”柯羅諾獸說道：“那傢伙估計已經……我也不知道……”
“你也不知道？!”
“我無法知道那傢伙，也無法預測。”
“這麼厲害？”
“對，那傢伙是病毒。”熾天使獸點點頭：“我們現在還不知道它的底細。只叫它——‘核心敵人’。”
“所以我們的任務是？”俊風問道。
“還記得我說過智天使獸在你們人類世界嗎？現在失去聯絡了。”
“你道意思是……讓我們尋找失蹤的智天使獸？”俊風又說道。
“沒錯。”柯羅諾獸說：“等他們回來，我們也要開始忙了。”
“我們義不容辭。”俊風點點頭。
此時人類世界，一個實驗基地被摧毀，一股黑煙冒了出來，吞噬了還在做實驗的人類，隨著黑煙不斷上升，在空中不斷變大，天空被烏雲遮住，最後成為一條咆哮的黑龍在裡面翻滾，還伴隨著陣陣紅色的閃電。
一個身影在烏雲之中若隱若現……