時間飛逝，三年過去了
鳴人和一年前出去歷練的佐助也回到了村子裡，回村第一件事，就是打一架，鳴人輸了，輸得很徹底
佐助站在鳴人面前，看著倒地不起的鳴人
佐助：你輸了，鳴人，你還是那個吊車尾
鳴人：可惡……為什麼你會這麼強
佐助：哼！鳴人，努力吧！這樣的你是不會超越我的
鳴人沒有說話，雙臂顫顫巍巍的撐起身體，然後摔在地上
佐助看著傷痕累累的鳴人，最後還是扶著鳴人到了醫院裡
……
就在兩人回來不久後，天蕭收到了砂隱村的求助
內容：風影我愛羅被「曉」抓走了
天蕭召集第七班
小櫻，鳴人，佐助，卡卡西
天蕭：這次任務很艱鉅，務必奪回風影
第七班：是！
第七班離開了
天蕭收到信件
援助中毒忍者已經完成
過了一段時間
奪回風影任務完成
任務中提到，「曉」成員【赤砂之蠍】已被千代婆婆和小櫻聯手擊斃
另一位成員【迪達拉】不知去向
第七班和第三班一起回來的，第三班是剛好路過，並將迪達拉逼入絕境，可惜讓迪達拉逃走了
天蕭：這樣麼……知道了，你們去休息吧！
眾人：是！
隨著其他人都離開了，天蕭又跑到火影巖像上俯視木葉村
不久後，大蛇丸的蹤跡被發現，自來也親手殺死了大蛇丸
「曉」的活動開始明顯起來，許多的事故都和「曉」有關
守護忍十二士之地陸被殺死，前去探查的第十班遇到了「曉」的成員，猿飛阿斯瑪被【飛段】殺死
木葉村開始搜查「曉」之成員，很快就搜查到了
卡卡西臨時成為第十班帶隊上忍，與第十班成員協同作戰
鹿丸智取【飛段】，活埋這個不死的忍者
漩渦鳴人到來，使用新術打敗了【不死的角度】
卡卡西補刀，【不死的角度】就這樣隕落了
天蕭：很好
另一邊佐助剿滅大蛇丸殘黨，收編霧隱叛忍鬼燈水月，【天秤之重吾】，香燐，組成蛇小隊，在外流浪
天蕭：佐助這小子，長大了，管不住了
不久後，鳴人和佐助共同探索疑似三尾出現的大湖，意外找到三尾本尾
在一些列意外的加持下，鳴人佐助聯手擊敗【晶遁忍者紅蓮】，之後打敗三尾，最後擊潰幕後黑手，可惜三尾跑了
佐助最後還是離開了木葉，他的原話
佐助：我喜歡在外流浪的感覺，所以暫時不準備回木葉了
天蕭：……
鼬：佐助，不管怎麼樣，我都支援你
佐助：謝謝，大哥，那麼天蕭叔叔，我走了，拜拜！
天蕭捂著頭，心裡很難受，那天晚上也是第一次主動喝了酒
鼬知道天蕭幾乎把佐助當親生兒子看待，叔侄倆就成了最憂愁的那一對
（富嶽：我成累贅了？）
不久之後，佐助向鼬發起挑戰，佐助就在宇智波祖地，是前宇智波一族居住的地方
鼬欣然前往，然後鼬遇到了迪達拉，兩人展開了戰鬥，然後……就沒有然後了
迪達拉觸發了【C0·自爆】，大家都看到了迪達拉的究極藝術，可惜一個人都沒炸死
對一個人都沒炸死，鼬使用須佐能乎擋下了這一擊，雖然迪達拉的自爆重創了鼬，但是鼬還是前往了宇智波祖地和宇智波佐助對戰
在對戰中，鼬的所有戰術對佐助幾乎都不起作用，佐助的瞳力甚至強到了擊破萬花筒幻術的地步，佐助在盡情的和鼬對戰，卻不知鼬本身就受了重傷
前面的攻擊還不至於打敗鼬，但直到麒麟出現，鼬的傷勢一下子就爆發了，鼬沒能撐過麒麟的攻擊，被佐助失手殺死
滿心悲愴的確認鼬死了的那一刻，查克拉耗盡的佐助開啟了萬花筒寫輪眼，昏迷了過去
“斑”出現，帶走了佐助，也帶走了鼬的屍體
醒來的佐助十分痛恨自已，“斑”現身，蠱惑了佐助，在滿心煎熬之中，佐助想和“斑”創造一個有鼬的世界
【無限月讀】
同時“斑”的話也讓佐助深刻意識到了忍界的明爭暗鬥，佐助也恨上了天蕭，鼬的前往時天蕭准許的，明明天蕭擁有結束整個忍界的力量，卻不去作為，佐助也萌生出統一世界的念頭，這個念頭很小，直到鼬被穢土轉生……
佐助的叛逃讓木葉震驚，而鼬死在佐助手上也讓富嶽和美琴心痛，美琴也因此終日抑鬱，久病成疾，沒有佐助親手來解開美琴的心結，美琴也命不久矣
「曉」開始大範圍抓捕尾獸，一尾、二尾、三尾、四尾、五尾、六尾、七尾都被捕獲，尾獸的力量讓整個忍界感受到了恐懼
木葉探查到「曉」的首領在雨之國，自來也自告奮勇的去探知「曉」首領的底細，被天蕭駁回
但是自來也一而再，再而三的上書，讓天蕭很是煩惱，自來也無論怎麼上書，天蕭都是不同意，最後自來也也妥協了
現在的自來也也是每天和綱手小酌一杯，日子過得也還算自在，就是每次都讓綱手去勸勸天蕭，讓他去探知一下，若是太過於危險，自來也也可以逃跑
綱手也是無奈，稍微和天蕭提了一嘴，哪怕是這樣，天蕭也不允許，最後自來也也放棄了這個想法
佐助加入了「曉」，帶領著蛇小隊……不，是鷹小隊，去抓捕八尾
佐助沒有適應萬花筒寫輪眼，哪怕是這樣，佐助都和八尾打了個旗鼓相當，最後，佐助在大意之下被八尾的雷犂熱刀打成重傷
重吾緊急救援佐助後，佐助第一次使用萬花筒寫輪眼的瞳術【天照】，將“八尾”捕獲
雷影得知後暴跳如雷，要求開啟五影會談，抓捕佐助
天蕭沒有理會雷影，只是讓暗部去探知實情
不過數天的時間，「曉」首領【佩恩】入侵木葉村
【佩恩·畜生道】通靈大量的通靈獸，肆意攻擊建築，被綱手擊退
【佩恩·修羅道】被秋道父子擊破
【佩恩·地獄道】被猿飛木葉丸擊敗
【佩恩·人間道】被宇智波富嶽擊破
【佩恩·餓鬼道】被自來也擊破
【佩恩·天道】被旗木卡卡西擊退
綱手趕到卡卡西身邊時，卡卡西因耗盡查克拉而死
天蕭結下大陣，守護著最核心的地方，避難所
火影辦公室
天蕭站在天台，天道降落在天蕭身後和天蕭對峙，天道的話雖然讓天蕭無以言對，但是天蕭不在乎
毫不在乎的天蕭激怒了天道，憤怒的天道發動【超·神羅天徵】欲毀滅木葉
天蕭種下的【冰葬神樹】聯合【繁花大葬】成功抵擋【超·神羅天徵】
天道見狀不妙，意圖逃走，然後就被天蕭留了下來，最後經過自來也的指認，發現【佩恩】不是本體
鳴人用最笨的辦法，發現了長門的位置，和長門爆發了激烈的戰鬥，期間鳴人差點釋放出了九尾，好在波風水門留下了保險，幫助鳴人穩固了封印
最後鳴人憑藉自已的口舌，讓長門相信了鳴人，並發動了【外道·輪迴天生】復活了木葉死去的人們，而長門耗費了大量的查克拉，同時也耗盡了所有的生命力，永遠的離開了人間
鳴人成了真正的木葉英雄，受到了木葉平民的愛戴
於同一天病逝的美琴也被複活了……就……很離譜