由於之前越中一向一揆眾、加賀一向一揆眾等勢力皆受到越後上杉家的重創，噤若寒蟬，全不敢在短時間之內再與越後上杉家弓矢交刃，於是紛紛託詞拒絕了匠作畠山家的要求。
畠山義續發覺自己的一時衝動導致匠作畠山家已陷入孤立無援的境地，也就只能在幕臣石谷光政的仲介斡旋之下與越後上杉家就此罷兵言和，並放棄北射水郡的領地。
隨後，畠山義續便令駐守在長坂道砦的溫井總貞、遊佐續光等將立即解散各自軍勢返回本領。
與此同時，村上義清、高梨政賴、島津忠直（長沼島津家家督）等北信濃諸將在越後上杉家的支援下，以五千餘軍勢，宛如旋風一般攻入了北信濃。
由於事發突然，使得在北信濃一路勢如破竹的武田軍猝不及防，根本沒有想到村上義清、高梨政賴、島津忠直等人竟然會如此之快就集結大量兵力反攻北信濃了。
在得到越後上田眾支援的猛將村上義清可以說是如虎添翼，立即對武田家發動了迅猛的反擊。
武田晴信派遣油川信友（油川信惠之子，河內源氏旁系甲斐源氏滴流武田氏一門）、油川信守（油川家一門，武田晴信堂叔，其女為武田晴信側室）、於曾源八郎（板垣家一門）等人率三千餘軍勢前去八幡原阻遏村上義清、高梨政賴、島津忠直等人攻入北信濃的勢頭。
村上義清見武田軍主動前來迎擊自己後大喜過望，當即與上田眾中的慄林賴忠、樋口兼豐、深澤尚重等人以兩千餘軍勢從正面攻擊武田軍，而熟知當地地形的高梨政賴、島津忠直等人則是率三千餘軍勢在附近森林之中隱蔽前行，迂迴至武田軍的側翼和後方。
就這樣，顧頭不顧尾的武田軍在遭到兩面夾擊之後瞬間驚慌失措，士卒離散，在混戰之中武田軍自油川信有、油川信守、於曾源八郎等人以下三百多人被討取。
之後，村上義清更是趁勝收復先前被武田家所奪取的本據葛尾城和堅城砥石城，村上家似乎有了復甦的曙光。
而屋代政國、鹽崎八郎、石川高畫質等村上家舊臣見村上義清奪回葛尾城後紛紛前去再次出仕村上家，一同響應村上義清之後的行動。
此時坐鎮在深志城的武田晴信判斷眼下已經無法再挽回己方在北信濃各地的劣勢後，將塔原城、平瀨城等位於小笠原長時舊領範圍內的城池兵砦大量破棄，以防小笠原長時率軍捲土重來。
之後，武田晴信就收兵返回了本據躑躇崎館。
村上義清在武田晴信率軍退回甲斐以後接連主動出擊，不僅恢復了位於埴科郡、更級郡的舊領，甚至還攻入了小縣郡內，奪回了大量領地。
為了能更迅速奪取小縣郡和佐久郡，村上義清還將本據移至鹽田城，對武田領展開不間斷的攻擊。
一時間令武田家留守在佐久郡的武田信繁、諸角虎定等人東西奔命，頭疼不已。
而高梨政賴、島津忠直等奧信濃諸將在恢復了各自的舊領後就不像村上義清那樣熱衷於開疆拓土，在向坐鎮飯山城的上杉政虎獻上太刀、駿馬等禮物後就各自返回了領地，不再隨村上義清南下信濃腹地了。
畢竟北信濃諸郡兵燹連年，使得其中大部分的城池兵砦都缺乏糧草輜重，物資窮困，根本無法支援長時間的征戰。
而協助村上義清、高梨政賴、島津忠直等人一同出陣北信濃的上田眾慄林賴忠、樋口兼豐、深澤尚重等人在完成攻落葛尾城、砥石城等地的任務後就迅速後撤至飯山城一帶，與上杉政虎所率的一萬兩千餘軍勢進行合流。
由於上田眾、高梨政賴、島津忠直等人不再隨村上義清繼續南下攻略信濃腹地，就導致村上義清在得到舊臣的加勢後所能調動的兵力也只有三千餘軍勢，完全不能迅速擴大戰果。
為了儘可能消滅武田家在北信濃的有生力量，村上義清打算引誘駐守在佐久郡的武田軍主動出擊，而後設下伏兵一舉殲滅之。
於是，村上義清便派兵燒燬小諸城、大井城、巖尾城等地周邊的民舍房屋，並且不斷縱兵挑釁。
此舉果然令鎮守在佐久郡的武田信繁大為震怒，他當即命令曽根虎長（足輕大將）、諸角虎定、金丸虎嗣等人率一千餘軍勢出城作戰，意圖殲滅這股來意不善的村上軍。
村上義清得知留守在佐久郡的武田軍果然按捺不住，派兵出城，當即率軍回頭，往鹿取川一帶移動，假裝因畏懼武田軍而撤軍。
曽根虎長、諸角虎定、金丸虎嗣等人不明所以，真以為是村上義清怯戰，來不及多想就率軍進行追擊。
當武田軍追擊正在後撤的村上軍到一半時，村上義清突然率軍掉過頭來，吹響法螺，命令麾下將士殺向武田軍，兩軍遂在鹿取川一帶展開激烈大戰。
在混戰之中，村上義清更是親自力戰，接連斬殺十餘名武田軍武士。
儘管武田軍死戰不退，但因兵力少於村上軍，最終村上軍凌厲的攻勢下被擊潰了，武田軍自曽根虎長、金丸虎嗣等人以下被討取六百餘人。
諸角虎定見無法挽回敗局後就收攏敗軍退往小諸城固守待援。
天文十六年，十月二十日。
武田晴信無法容忍村上義清繼續橫行於北信濃諸郡，而決定再次從甲斐出陣，攻向小縣郡。
五天後，武田晴信在與武田信繁、諸角虎定等家臣合流之後攻落倒向村上義清一方的和田城、武石城等地，將大井信定、羽田幸清等守將接連討取。
在得知武田晴信親自率軍出陣小縣郡的訊息後，村上家重臣屋代政國、鹽崎八郎、石川高畫質、室賀光氏、與依右近進、和田修理大夫、佈下左衛門等人深知村上義清在無法獲得越後上杉家方面有力支援的情況下是無法繼續抵擋武田軍的攻勢，為了確保自己的家名存續，他們隨即倒向了武田晴信，再次出仕武田家。
不僅如此，他們還開始率軍襲擊村上軍的小荷馱隊，使得村上義清親自坐鎮的鹽田城陷入了糧草短缺的境地。
村上義清在內無糧草外無救兵的情況下根本無法繼續固守在鹽田城，只能就此放棄退往葛尾城從長計議。
武田軍在奪取鹽田城之後，武田晴信便任命重臣飯富虎昌為鹽田城城代，以防此城再次被村上義清所奪取。
武田軍並沒就此停下腳步，反而還在不斷北上，很快就席捲了整個小縣郡。
僅僅一天一夜的功夫武田軍就攻落十多座隸屬於村上家的城池兵砦。
同時，武田晴信還派遣亂波前往葛尾城下燒燬民舍房屋，以此來報鹿取川一戰之仇。
趁著武田家無法在短時間內介入北信濃局勢的機會，政虎則是著手開始攻打先前協助大熊朝秀、玉蟲貞茂等人謀逆的市河信處。
越後上杉軍在北信侍泉重歲、須田滿國等人的引路下攻入市河家所領有的志久見鄉，並且泉重歲還勸降了隸屬於市河家的中曾根城城主中曾根道秋。
今井城城主今井經永非常畏懼越後上杉軍，一聽聞越後上杉軍已經勸降了中曾根城，即將兵臨城下的訊息，就完全喪失了戰意，當即棄城而逃。
而今井城的城兵在得知城主今井經永已經棄城逃往城坂城之後就不戰自潰，很快今井城就被越後上杉軍所佔據。
越後上杉軍在奪取中曾根城、今井城兩地之後，又相繼攻落了大瀧城、上境城、西浦城等地，還討取了市河家重臣大瀧土佐守。
市河信處見城坂城周邊的支城皆已淪陷，無險可守，不得不放棄城坂城而退往市河家曾經的本據仙當城進行固守，同時派遣使者前往武田晴信處求援。