就在上杉政虎殲滅佐渡一向一揆眾的四千五百餘軍勢後，趁勝迫降固守在雜太城的本間總領家，使得為禍一方的佐渡一向一揆眾被悉數平定。
這時，仍然沒有降服的就只有據守在久知城的久知正泰和久知泰時父子二人了。
如今久知正泰與其子久知泰時蜷縮在久知城這一隅之地避難，顯得非常的落魄。
然而越後上杉軍軍勢盛眾，抱著必定滅亡久知本間家的決心氣勢洶洶襲來，久知本間家的滅亡，幾乎只在咫尺之間。
天文十五年，九月十五日。
上杉政虎率一萬餘大軍攻入加茂郡（賀茂郡），久知正泰驚恐萬分，他自知越後上杉軍兵強馬壯，久知本間家將難以匹敵，急忙派遣使者前去與自己長期交好的河原田貞兼處，乞求透過他來向越後上杉軍投降。
然而，河原田貞兼可不想被上杉政虎懷疑勾結佐渡一向一揆、本間總領家、久知本間家等敵對勢力，立即斬了久知正泰的使者，不作出任何答覆。
而困守在久知城的久知正泰遲遲得不到河原田貞兼的答覆後，只知無法得到越後上杉家的寬恕，便以麾下僅存的最後的兩百餘軍勢，主動出城於天王川一帶與越後上杉軍的先陣長尾景信部進行交戰。
結果，久知本間軍毫無疑問地寡不敵眾而大敗，久知正泰和久知泰時僅率十餘人逃回久知城中進行固守。
長尾景信趁著大勝順利攻破久知城二之丸的大手門，並且對久知城本丸攀牒猛攻，殺伐聲不斷。
坐困愁城的久知正泰登上箭櫓，憑欄眺望，最後望了一眼佐渡加茂郡的土地，在這片土地上，他曾經為之奮鬥，為之防守，交兵潟上，抗鬥上杉，如今皆已化為風煙，成為過去。
久知正泰與其子久知泰時回到本丸的寢殿裡，拿出早就準備好的短刀，切腹自盡。
在室外喧擾的交戰聲之中，久知城亦宣告陷落。
而向雜太郡北方金北山逃去的下尾佐渡守，在途徑河原田本間領時，被河原田本間家家臣赤塚直宗所搜出並斬首，其首級也隨後送至越後上杉軍新本陣所在地的雜太城。
之後，上杉政虎便對佐渡三郡領地劃分的做出了這樣的安排：羽茂高信領有羽茂郡羽茂城一千石知行地，原先旗下羽茂本間六人眾領地全部沒收；河原田貞兼由於先前對蓼沼右京亮、羽茂高信等越後上杉家一方諸將見死不救，拒不發兵救援，導致蓼沼右京亮陣亡，故而減封原先所領有中原、石田、片貝、二宮、一谷、青野、窪田、真光寺、澤崎、神田、永野等地，領有河原田城周邊五百石知行地；潟上秀敏先前主動加勢蓼沼右京亮所部，以及此次佐渡征伐之中表現活躍，故而從原領加茂郡潟上城八百石知行地轉封至越後蒲原郡加茂要害城，領兩千石知行地；原河原田本間家家臣赤塚直宗討取為禍佐渡三郡已久的一向一揆首領下尾佐渡守，因功受封越後蒲原郡燕館五百石知行地；旗本眾山田長秀受封加茂郡久知城一千石知行地，擔任兩津湊湊奉行、加茂郡郡代；櫪尾眾大河戶忠繁受封原河原田本間家舊領雜太郡澤根城，領兩千五百石知行地；櫪尾眾渡邊綱景受封羽茂郡赤泊城，領三千石知行地，擔任羽茂郡郡代；旗本眾、橫目（負責監察）金津義舊（正室為上杉政虎乳母）從越後蒲原郡金津城兩千石知行地轉封至雜太郡雜太城，領一萬石知行地，擔任雜太郡郡代、佐渡三郡寺社奉行；直江津奉行眾竹村彥右衛門受封羽茂郡小木館，領五百石知行地，擔任羽茂郡的小木湊和赤泊湊兩地湊奉行；直江津奉行眾山田喜右衛門受封雜太郡相川館，領五百石知行地，擔任大須銀山、鶴子銀山（佐渡國最大的銀山）、三川砂金山、相川金山（佐渡國最大的金山）等地奉行，負責大規模開採佐渡三郡的金山、銀山；北方館館主主北方滿繁、梅津城城主梅津真茂、谷塚城城主谷塚高納、二方潟館館主土屋照邦、新穂館館主新穂和泉守、羽黒城城主羽黑真經、加茂城城主加茂真清、歌代城城主歌代真正等佐渡三郡諸將則是本領安堵，但同時皆要寫下誓書和交出人質。
至此，佐渡三郡在上杉政虎的親自出陣下完全平定。
加上此次攻滅了佐渡本間四天王中的久知本間家和雜太本間總領家，再加上對佐渡本間四天王另外兩家的羽茂本間家和河原田本間家進行減封，使得越後上杉家獲得了佐渡三郡中絕大部分的領地，而其餘的國人領主、地頭武士們領地皆是一些不足一百石、五十石的小領主，根本掀不起什麼大浪了。
此次越後上杉家對佐渡征伐中收穫最大的還是將大須銀山、鶴子銀山、三川砂金山、相川金山、小木湊、赤泊湊等金山、銀山、港口全部收為直轄，如此一來皆成為了越後上杉家的重要財源。
待越後上杉軍在佐渡三郡之中破卻了絕大部分城池兵砦後，上杉政虎便率軍返回了越後。
而景定也因功獲封刈羽郡與頸城郡交界處的旗持城一帶八千五百石知行地，以及刈羽郡安田鄉（安田毛利家舊領）七千五百石知行地。
與此同時的關東八國也並不太平。
儘管北條氏康攻滅了宿敵扇谷上杉家，又將山內上杉家打得衰殘，並且權威開始逐漸凌駕於古河公方之上，儼然成為了關東八國的霸主一般。
然而割據房總半島的大名裡見義堯卻在此時對從屬於北條家的大名下總千葉家的領地展開了侵攻。
在裡見義堯凌厲的攻勢和調略之下，千葉家的一門眾椎崎家、臼井家都紛紛倒向了裡見家。
無法坐視不管的北條氏康就只能發兵攻向裡見家位於上總的本據佐貫城，意圖圍魏救趙，同時還能攻打不願臣從北條家的國人領主和地頭武士們。
就在北條軍即將攻落佐貫城之時，先前逃亡到上野的扇谷上杉家舊臣們在上杉憲政的支援下由太田資正率領重返武藏，奪回了被北條家佔據的松山城。
北條氏康在得到松山城被太田資正所攻佔後，當即下令從佐貫城退兵，而裡見家的危機也因此得免。
就在北條軍前腳撤離上總之時，一直立場傾向於北條家的武藏巖付城城主太田資顯病逝，由於他生前沒有留下子嗣，導致了巖付城處在空虛無主的狀態之中。
趁著太田資顯才病逝後不久，太田資正當即於松山城宣佈自領太田家一門總領職、巖付城城主，並且發兵迅速奪取了已是無主之地的巖付城，並且以巖付城作為自己的新本據，同時命同為扇谷上杉家舊臣的上田朝直為松山城城主，負責鎮守松山城。
在太田資正的經略之下，扇谷上杉家舊臣作為一股不可忽視的勢力在關東復活了，同時還奪取了武藏的松山城和巖付城兩座重鎮要地。
當然，北條氏康自然是對此無法繼續容忍下去的，隨即發兵同時攻打巖付城和松山城兩地。
可松山城城主上田朝直自知不敵實力強大的北條家，根本不敢做出任何抵抗，當即選擇了開城投降，從屬了北條家。
而太田資正則是在巖付城堅守了一年多後才被迫臣服北條家。