正所謂逆天而行，乃自取敗亡之道也。
隨著赤井直正、波多野秀治二人所率丹波眾大舉南下攻入東播磨的訊息傳到攝津稻田城後，別所賀相再也坐不住了。
因為，別所賀相所率的一千餘軍勢根本不能缺少來自別所領的糧草輸送。
而稻田城本就不是堅城，也非上杉景信的屯糧之地，城中並沒有多少糧草，無法供給別所軍長期堅守稻田城。
再加上隨別所賀相出陣稻田城的野口城城主長井政重、神吉城城主神吉賴定、淡河城城主淡河定範等人都擔心自己的領地守備空虛，會遭到上杉軍的攻擊，都沒有在稻田城籠城固守的心思，反而紛紛‘石山御坊已然開城，繼續出兵攝州將毫無意義’為由，勸說別所賀相率軍撤回播磨。
見己方諸將皆有思歸之心，作為總大將的別所賀相在反覆權衡之下，只能被迫同意撤出稻田城。
然而，這支別所軍的反應還是慢了一步。
就在別所賀相前腳率軍撤出稻田城之際，被上杉景信麾下的長尾景憲、長尾左馬助等部追上。
無心作戰的別所軍可謂是一觸即潰，丟盔棄甲，四散而逃。
而上杉軍則是毫不留情的對正在潰逃的別所軍舉起了屠刀。
最終，僅有別所賀相、長井政重、神吉賴定、淡河定範等人逃入播磨別所領的淡河城中。
等其收攏敗軍後，僅剩一百餘人，其餘別所軍大都被當場討取或遭遇落武者狩。
此時，上杉軍已經奪回先前陷落的稻田城，上杉氏虎遂下令乘勝長驅，一鼓作氣攻入播磨。
由於別所長治將兵力集中固守本據三木城，使得位於播磨、攝津兩國境目地帶的城池兵砦大都守備空虛，根本不能抵擋上杉軍的侵攻，就連剩餘留守的軍勢也因別所賀相部的敗退而紛紛潰散逃離。
因此，上杉氏虎在不費吹灰之力的情況下，順利突破播磨、攝津兩國的境目地帶，並兵臨三木城下。
此時的三木城中有守軍七千餘人以及協防領民三千餘人，再加上三木城還是播磨一國少有的堅城，更是被稱之為東播磨第一要害之地。
但如今的別所家上下戰鬥意志薄弱、戰鬥力也不強。
而且，本誓寺超賢、本願寺顯如皆先後對還在負隅頑抗的播磨一向宗信徒處於破門處分，使得別所家上下不僅是反叛上杉將軍家之人，還失去了與之交戰的大義名分。
別所長治見此情形，憂懣萬分，又不知該如何應對，只得向神佛進行祈禱，又派遣使者前往上杉軍陣中，希望能獲得上杉將軍家的寬恕。
然而，以八條景定為首的上杉將軍家高層卻並不打算饒過別所家。
因為放眼整個本州島，就只有播磨一國的國人領主不能沒有臣從上杉將軍家，甚至還聯合一向一揆眾與上杉將軍家刀兵相見。
為了震懾近畿諸國的一向宗信徒，也為了震懾尚未臣從上杉將軍家的九州諸大名、國人領主，八條景定就向上杉氏虎下達指示，拒不接受別所家的降服，並對三木城展開圍攻。
之後，上杉軍就在三木城周邊接連修築了四十餘座支城兵砦，並切斷了三木城與外界的一切聯絡，使得三木城守軍無法獲得來自外界的糧草補給。
不僅如此，上杉軍還建起比三木城還高的土山和防禦柵欄，最後在距離城牆數米的位置將整個三木城包圍了起來，並在土山上修建大量箭櫓。
之所以別所軍沒有阻止這距離三木城如此之近的土木工程，是因為本就不多的彈藥已經告罄。
再加上鄰近三木城的丹生山明要寺被上杉軍搗毀，伽藍、僧坊等盡數被燒燬，其沖天的火光讓三木城的守軍看得上一清二楚。
這就使得三木城守軍士氣更加低落，皆不願出城與上杉軍進行交戰。
而身在淡河城的別所賀相不願坐視三木城陷入彈盡糧絕的絕境，便調集淡河城周邊尚未陷落城池的守軍，以一千五百餘軍勢迂迴至上杉軍的後方，意圖突破上杉軍的防線，向三木城輸送糧草。
可別所賀相併沒有意識到，上杉軍在三木城周邊所修築的四十餘座支城兵砦並不是單單是用於圍困三木城的，還有一個作用則是防止別所軍突破防線為三木城輸送糧草。
很快，別所賀相的行動就被上杉軍探知。
當別所賀相還在小心翼翼的率軍向三木城靠近之際，今川氏定、黒川清實、加地春綱、畠山常重等部就從四面包抄而來，斷絕了別所軍的所有退路。
其中，今川氏定麾下家臣岡部元信、朝比奈泰朝、大澤基胤、浜名重政等人輪番各率兩百餘名騎馬武士突入別所軍中，當者披靡。
別所軍見勢不妙，四處逃竄，上杉軍則趁機掩殺，將潰兵屠殺殆盡。
經此一役，自別所賀相、別所治定（別所長治之弟）、別所吉成（別所賀相之子）、長井政重、神吉賴定、淡河定範（別所長治伯父）、石野氏滿、淺井七郎等諸多別所家重臣以下一千兩百餘人被當場討取，而意圖運往三木城的糧草三千餘石也被上杉軍盡數奪取。
而另一方面，置鹽城的處境與三木城相差不大。
在山本勘助、黑田孝高二人的建議下，四條虎定、直江景綱等人也對置鹽城採取長期圍困的方式，從而達到消耗城中存糧的目的，並在幾乎零損傷的情況下的情況下讓守軍陷入絕境之中。
雖然赤松義祐、赤松則家（赤松義祐之弟）、赤松政範（赤松義祐從兄弟）、海老名季繼、廣瀨政氏（原宇野家家臣）、西光寺了海（一向宗西光寺住持）等人仍不願降服，嬰城拒守，但是置鹽城的守軍中棄甲投兵而下之人卻是絡繹不絕，就連赤松義祐之子赤松則房也有向上杉軍投降之意。
赤松則房雖然此時是名義上的赤松宗家家督、赤松氏一門總領，但實際上並不能處理任何政務，家中大權是由赤松義祐所把持著。
為了不讓赤松家家名斷絕、一族覆滅，赤松則房只好暗中聯絡主和派的大谷義房、小林滿末、橫山義祐、島津忠之（播磨島津家家督）等家臣，就趁著深夜之際於置鹽城本丸突然發難。
赤松則房先是將其父赤松義祐幽禁起來，而後派兵一一擒殺赤松則家、赤松政範、海老名季繼、廣瀨政氏、西光寺了海等主戰派之人。
在完全控制了置鹽城後，赤松則房便率家眷、城兵開城向上杉軍投降了。