不論是上杉政虎還是杉浦玄任，都還是高估了神保長住的能力。
還沒等山本寺定長、平田善次郎、須田監物、須田右京等將率水軍眾抵達古國府城下，三善光康、長澤善慶等將就率軍將古國府城攻落，並擒獲神保長住。
至此，射水郡一郡之地盡數被上杉家收復。
同時，一向一揆軍的糧道再也無法確保安全，就連一粒米都送不到火宮城裡。
神保長住畢竟是越中神保家如今的家督，也是神保長職的長子，對此政虎也不好對其加以嚴懲，只好將神保長住流放至佐渡，由神保長職次男神保長城來繼任越中神保家家督。
杉浦玄任在得知古國府城被上杉軍攻落、神保長住被擒獲的訊息後，吃驚的話都快說不出來了。
這就意味著固守在火宮城的一向一揆眾完全成了一支孤軍，而火宮城也同時成了一座孤城。
如今杉浦玄任無法保證石黑家、狩野家等西越中國人領主們還能否繼續支援一向一揆眾了，他已經獲得了飛驒的江馬家出兵支援上杉軍的訊息。
這就說明了武田家在飛驒完全喪失了影響力，根本不能指望武田軍經飛驒進入越中支援一向一揆眾。
就在杉浦玄任、瑞泉寺證心、勝興寺顯榮等人還在商討下一本的作戰計劃時，上杉軍擊潰包圍高岡城、增山城等地的一向一揆軍，並將勝興寺玄宗（勝興寺實玄次男）於高岡城外討取的訊息傳來了。
在場眾人得知後無不感到焦急萬分，古國府城的陷落使得一向一揆軍的糧道被切斷，而這高岡城、增山城等地被上杉軍解圍就說明一向一揆軍的退路也被切斷了。
大夢初醒的杉浦玄任、瑞泉寺證心、勝興寺顯榮等人這才意識到危機來臨，隨即準備向加賀方向突圍。
然而，此時的上杉軍早就對火宮城完成了合圍，杉浦玄任、瑞泉寺證心、勝興寺顯榮等人見形勢危急萬分，只得硬著頭皮出城與上杉軍展開交戰，以求打破上杉軍的重重包圍。
杉浦玄任率先出兵夜襲駐守在下條川東岸的小島貞興、安田景元等部。
由於在此地駐守的上杉軍僅有虎捷軍一千五百餘步卒和安田景元部三百軍勢，兵力並不算太多。
安田景元見出城襲來的一向一揆軍人多勢眾，頓時心生退卻之意。
結果，小島貞興來不及穿戴鎧甲就手持長槍率先衝出，嚴令後退者斬，隨後就帶著虎捷軍五百餘名步卒就衝向瞭如同潮水一般襲來的一向一揆軍。
在混戰中，小島貞興更是身上受了十多處傷，仍然不顧傷痛，死戰不退，杉浦玄任見己方在短時間內無法擊潰面前這支上杉軍後只能下令退回城中，從長計議。
畢竟一向一揆軍的成分魚龍混雜，在混戰之中根本無法有效進行令行禁止。
很快，後退就演變成了潰退。
最後，士氣高昂的上杉軍尾隨追擊正在潰敗的一向一揆軍，接連討取了一千餘人。
而剩餘的一向一揆軍更是丟盔棄甲，大敗而逃。
瑞泉寺證心、勝興寺顯榮等人為了接應己方的敗軍只好率軍出城，可是他們萬萬沒有想到作為一向一揆眾悍將的杉浦玄任竟然會敗得如此之快。
才率軍出城不久的瑞泉寺證心、勝興寺顯榮等人，在藥勝寺池附近就遇上了前來支援小島貞興、安田景元等人的福王寺孝重。
瑞泉寺證心、勝興寺顯榮等人只好在倉促之下應戰，付出了傷亡三千餘人的代價後，總算成功接應杉浦玄任退回了城內。
經此一役後，一向一揆眾諸將再也沒有人提出要出城迎戰上杉軍了。
在一個月之後，火宮城內的一向一揆軍就因為斷絕糧草而餓死了十分之七八。
天文二十一年，三月三十日。
上杉軍對火宮城發起了猛攻，由於長時間的缺糧而疲憊不堪的一向一揆軍連武器都拿不動，更不要說讓他們站起來迎戰凶神惡煞一般的上杉軍了。
很快，小島貞興就率先帶著虎捷軍一百名步卒攀上火宮城三之丸，幾乎沒有遇到任何抵抗，就順利的將大手門開啟了。
隨著上杉軍如同潮水一般湧入火宮城後，便對城內僅剩下的一向一揆軍揮舞著屠刀。
還不到一個時辰的時間，上杉軍便將火宮城攻落。
而走投無路的杉浦玄任、瑞泉寺證心、勝興寺顯榮、杉谷四郎左衛門、願成寺連壽、若林長門守、黑瀨掃部允等加賀、越中兩國一向一揆眾重要首領皆在混戰之中被上杉軍所討取，無一人逃出火宮城。
從天文二十年十二月開始的這場越中紛亂至此結束，歷時三個多月。
之後，飯久保城城主狩野良政、木舟城城主石黑成綱等原先站在一向一揆眾一方的西越中國人領主們紛紛向上杉軍投降，並且主動擔任上杉軍的先導役，攻入礪波郡。
由於先前西越中的一向一揆門徒眾們大都前去追隨瑞泉寺證心、勝興寺顯榮等人出陣越中腹地，導致留守在瑞泉寺的瑞泉寺顯秀（瑞泉寺證心之子）手中兵不過千，根本無法抵禦兵鋒正盛的上杉軍。
在萬般無奈之下，瑞泉寺顯秀就只好放棄瑞泉寺，僅帶著坊官、僧兵等百餘人逃往加賀避難。
瑞泉寺顯秀趴在馬背上晝夜奔逃，就算進入加賀國境之後，依然還是覺得不放心，於是又倉惶而逃，五天後他才奄奄一息的抵達尾山御坊外。
為了保全家名存續，狩野良政、石黑成綱等西越中國人領主在攻入礪波郡一向一揆領是極為賣力。
勝興寺（淨土真宗本願寺派）、瑞泉寺（淨土真宗大谷派）、土山御坊、高木場御坊等一向宗寺院先後被狩野良政、石黑成綱等人破卻。
不僅如此，寺院周邊的寺內町所有街屋也被盡數焚燬，僅剩下的一向一揆眾治下領民也被政虎下令強行遷至頸城郡，許可他們不用改宗。
至於神保長職、神保氏張、神保覺廣等之前放棄居城逃至宮崎城的越中諸將，政虎也沒有因此責怪他們，還是讓他們重返舊領，功過相抵。
天文二十一年，四月十日。
政虎決定趁著己方士氣高漲，繼續率軍西進，準備給加賀一向一揆眾一點顏色看看。
隨後，上杉軍便乘勝連克龍之峰城、原城、竹橋城、津幡城等地，一路攻入了加賀腹地，兵臨尾山御坊城外。
由於杉浦玄任將加賀半國的一向一揆門徒眾帶走進入越中，結果導致杉浦玄任兵敗之後北加賀守備空虛，根本無力抵禦上杉軍的侵攻。
尾山御坊裡的七里賴周、下間賴總、下間賴清等人只能眼睜睜看著周邊一座接著一座城池、寺院被上杉軍攻落，而無能為力。
最後，政虎因北加賀的傳燈寺、弘願寺、木越光德寺等寺廟還在一向一揆眾的手中，便無法全力對尾山御坊發起猛攻，便只能放棄這個一舉覆滅北陸道諸國一向一揆眾巢穴的機會。
隨後，政虎就收兵返回了越中。
而固守在尾山御坊的七里賴周、下間賴總、下間賴清等人完全不敢主動出城追擊，只好放任上杉軍順利退回了越中。