為了促進智利經濟的發展，新政府認為必須廢除西班牙封閉的貿易制度中的一些條條框框。西班牙本土人（被稱之為半島人）擔心這樣的變革將危及他們在智利的生計和存在。1810年11月，國民執政委員會向貿易法庭建議開放國際貿易，而貿易法庭中的西班牙商人抨擊這一建議。
他們聲稱這一做法會引來外國移民和異教邪說，而不說這一做法會危及他們的生意，以此來掩蓋他們的真實意圖。12月4日，同業公會理所當然地投票否決了這一建議。而執政委員會見到布宜諾斯艾利斯和其他前殖民地都已開放了貿易，遂於1811年2月11日頒佈《自由貿易法令》，宣佈即日起開放智利四處港口進行國際貿易。這一改革措施擊中了西班牙重商主義的要害。
《自由貿易法令》開篇宣告執政委員會是以費爾南多七世的名義採取行動的，接著話鋒一轉，演義《美國獨立宣言》道：“……人人都被‘造物主’賦予某些不可讓渡的權利，有權獲得幸福、財富和安康……”而後法令列出瓦爾迪維亞、塔爾卡瓦諾、瓦爾帕萊索和科金博這四處港口城市對“外國列強、西班牙的盟友，以及中立國”開放。
境內其他口岸不對外開放，為的是留給本國商船進行沿岸貿易。為了促進智利零售業的發展，外國商人不得自行在瓦爾迪維亞、康塞普西翁、聖地亞哥和科金博這四座城市以外的地方出售貨物。政府雖然許諾要對外國商人進行“照顧、保護和幫助”，但法令並未提及商人的財產權問題。除上述各點外，法令通篇重申了西班牙的貿易法規.因此也就保留了許多重商主義的條條框框。
智利的領袖們有充分理由相信，國際貿易將會帶來財富。美國、法國和英國早在1810年市政會公開會議召開前就都已同智利有了貿易往來。如今法律障礙已經排除，不僅貨物的流量將會增加，而且移民、新技術和外國資本的流入亦將會增加。
一些領袖人物擔心廉價進口貨可能會嚴重打擊本地工業的發展、外國船舶可能會損害本國的商船運輸業，因此他們提高了關稅，以保護本地的工業和運輸業。執政委員會開放貿易的目的，並非是要搞垮西班牙商人，而是要謀求更大的智利農業和礦業利益。
貿易改革後，變革的步伐加快，支援新政府的輿論亦隨之開始分化。執政委員會宣佈召開國民代表大會，希望藉此對政治體制進行改革。
一開頭就在地方代表人選問題上產生了爭議，這一爭議差點兒中斷了大會籌備程序，最後還是各方的妥協才使國民代表大會得以在1811年7月4日召開首次會議。可惜的是，激進派和保守派之間的爭論不久就使這次代表大會的工作止步不前了。性情急躁而又極具號召力的軍官何塞·米格爾·卡雷拉決定解散國民代表大會而由他行使一切權力，以此解決問題。
反對他的人則集合在前總督的兒子貝納爾多·奧希金斯周圍。兩人各自組建軍隊，1812年兵戎相見，對峙疆場，智利全境陷於癱瘓狀態，防禦能力喪失殆盡，極易受到來自外界的武力攻擊。
智利被再度征服：在智利的西班牙商人比起秘魯的商人來更順應這些變革。秘魯的商人認為直接輸入智利的歐洲貨物的價格使他們失去了市場。
他們遊說秘魯總督何塞·費爾南多·阿巴斯卡爾採取行動，設法阻止智利的貿易改革。費爾南多·阿巴斯卡爾做出了積極響應，1812年12月間派遣一支遠征軍重新徵服智利。此外，他還准許海盜船截捕所有進入殖民地智利港口的外國船隻。
智利遭到攻擊，起而全力回擊。經濟戰線上，智利政府禁止向秘魯輸出穀物。但保王派很快即攻佔智利穀物主產區重鎮康塞普西翁.使得這一禁運措施在那裡不起作用。而其他地區的穀物生產者和商人雖然也因失去秘魯市場而受損，但卻未能說服政府重新開放貿易。
政治戰線上，何塞·米格爾·卡雷拉和貝納爾多·奧希金斯拋開歧見、政爭，團結一致反對共同之敵。只可惜他們行動得太晚了，很快即告敗北。英國人隨後介入，在敵對雙方之間進行斡旋。英國人想要保留像開放貿易這樣的一些成命，這是可以理解的。
英國海軍上校詹姆斯·希利爾說服雙方簽署了一紙和平協議，其中有一條是確保中立國船隻在智利進行貿易的權利，總督阿巴斯卡爾和利馬商人覺得難以接受此協議，這是毫不奇怪的。總督要重新開戰，但因資金短缺難以行動。於是，他向有錢的利馬商人求助，他們借給他10萬美元。他任命馬里亞諾·奧索里奧為新遠征軍司令。
智利的一些像何塞·米格爾·卡雷拉這樣的獨立派激進人士也反對這一和平協議。而一些像貝爾納多·奧希金斯這樣的穩健派起初是支援這一協議的，認為協議可使智利人有時間整頓一下內部事務。然而卡雷拉再次搶先下手，攫取了對政府的控制權。
奧希金斯要用武力將他趕走，智利人內部兩派因而再次兵戎相見。到他們認識到奧索里奧的遠征軍所造成的危險時，再聯合抗敵已為時太晚。奧索里奧打敗了他們聯合起來的部隊，但未能阻止他們逃過安第斯山。那些沒有逃跑的人遭到逮捕，被囚禁在胡安·費爾南德斯群島。
馬里亞諾·奧索里奧在戰場上贏得了勝利，但他的貿易和財政政策嚴重地危害了這一被再度征服的殖民地。為了防止智利的軍事領導人潛入智利，他終止了與阿根廷的所有聯絡。這對安第斯山地區的貿易和關稅收入的影響相當驚人。
在他掌權的兩年裡，關稅收入從1813年的130495美元減少到差不多為零。根據奧索里奧的貿易政策，所有翻越安第斯山運出、運進的貨物均被視為走私貨。然而他的海運政策是比較寬鬆的。他重新開放了同秘魯的貿易，並在一定程度上容許與中立國的貿易。這一政策惠及了關稅收入，從1814年的74287比索上升到了1816年的139000比索。
其他專案的財政收入大幅下降,特別是菸草專賣的收入下降的幅度更大。為了尋找其他收入來源，奧索里奧至少沒收了價值萬比索的愛國者們的財產，又透過貸款和徵稅募集到約萬比索。即便如此，財政收入仍不及革命前的一半，而軍費開支卻幾乎增加了一倍。1815年12月，總督決定解除奧索里奧的統帥權，讓弗朗西斯科·馬爾科·德爾·龐特接替他。為了應對財政危機，這位新都督不顧後果地增加稅收、扣押中立國商船。