就在西班牙的前後兩位都督於安第斯山這一邊全力應對財政問題時，山那一邊的智利流亡領導人一直在謀劃推翻殖民統治政權事宜。
奧希金斯同阿根廷領導人何塞·德·聖馬丁聯手結盟，而何塞·米格爾·卡雷拉則前往美國購買武器。他返回阿根廷時，自行組建了一支部隊，與奧希金斯一聖馬丁聯軍發生衝突。他逃脫捕獲，但他的兩個兄弟被捕、遭槍決。這一悲劇性事件所引起的仇恨毒化了卡雷拉家族與奧希金斯的支持者之間的關係，並導致了長期的不和。
1817年初，奧希金斯和聖馬丁的部隊突擊翻越安第斯山，在查卡布科戰役中打敗保王軍。一年後，他們在邁普戰役中再次獲勝。保王軍連同至少70名西班牙大商人逃回秘魯。這些商人從秘魯致函費爾南多七世，請求他進行干預，保護他們在智利的財產。智利的愛國者們則從其流亡地阿根廷和囚禁地胡安·費爾南德斯群島返回故里。智利的領導人擁戴聖馬丁出任最高執政官，他拒絕任職，他們於是推舉奧希金斯，他欣然接受。
奧希金斯親眼目睹過早先的那爭爭吵吵，遂對設立立法機構有所保留。美國臨時代辦西奧多里克·布蘭德敦促他設立立法機構時，他回應道，第一屆國民大會上的爭爭吵吵削弱了愛國政府，導致了保王派的勝利。然而他還是設立了一個小型參議院，行使諮詢職責。奧希金斯任職期間先後制定的兩部憲法亦未有效地限制住其權力。
6.解放秘魯：奧希金斯關心的主要大事是協同聖馬丁組織對秘魯的進擊，推翻總督華金·德拉·佩蘇埃拉。他認為，在所有西班牙政府官員被趕出美洲大陸之前，智利的獨立極易再次遭受保王派的攻擊。聖馬丁和奧希金斯鼓勵在智利同他們並肩戰鬥的戰士們參加攻打秘魯的遠征軍。
奧希金斯當時面臨著向遠征軍提供資金的問題，而他自己的國庫卻空空如也。為了籌集資金，他沒收保王分子的財產，向他們徵稅，同時也向愛國者們徵稅。從1817年至1824年，國庫聚集了90餘萬比索的現金，這些錢系沒收自敵對勢力的財產；國庫還徵集了40餘萬比索，這些錢來自強制徵稅。奧希金斯還收到15萬比索的贖金，這筆錢是兩名保王派商人——他們試圖向秘魯總督的新一輪入侵智利提供資金，1818年被捕——交納的。
為了控制海洋，奧希金斯決定建設一支海軍。他鼓勵新近開業的外國商人購置船舶、裝備海盜船，同時任命前英國海軍軍官科克倫勳爵為智利艦隊司令，並委派幾名美國有經驗的軍官輔佐他。1819年3月初，科克倫宣佈封鎖秘魯各港口，開始禁止西班牙商船活動。
智利艦隊還將聖馬丁的部隊運至秘魯南部地區。他們從那兒向利馬進軍。聖馬丁攻取利馬城，宣佈自己為秘魯“護國公”，但他不願追擊撤退的總督部隊。科克倫勳爵全殲了太平洋上的西班牙艦隊，而後就聖馬丁指揮戰鬥的方式同他發生了齟齬。
他突然提交辭呈，並表示願意幫助巴西贏得獨立。委內瑞拉的解放者西蒙·玻利瓦爾也準備在秘魯作戰；他說服聖馬丁將指揮權交給了他自己。聖馬丁出海流亡歐洲。玻利瓦爾的部隊則在1824年的阿亞庫喬戰役中打敗了總督。歷時14年的戰鬥，南美終獲解放。智利雖然沒有一位司令官參與這最後的戰鬥，但在人力（士兵和海員）及財力上對這最終勝利做出了特大貢獻。