奧希金斯在支援解放秘魯的同時，也開始使智利成為一個自主的國家。他在制定經濟政策時，對智利的貿易潛力有清醒的認識。為了實踐他的這一認識，他將總海關從聖地亞哥遷至瓦爾帕萊索，並使這一口岸城市成為西海岸的銷售中心。智利商人看到了貿易的迅速發展，但貿易大多控制在外國商行手裡，因此他們對這明顯的偏袒提出了抗議。
他們說得對，早期的一些政策安排的確是偏於外國人的，後來的政策安排又使他們中的很多人疏遠了政府。例如，為了積聚收入，他對他們強制徵稅，制訂嚴厲的反走私措施，並關閉政府貨棧。他1822年修改基本貿易法時，同樣不受外國商人和本國商人的歡迎，他們迫使他暫緩執行達半年之久。
奧希金斯想要建立一個比較平等的社會，但不是一個無階級的社會。他盡力廢除某些排他性的特權制度，同時提高平民百姓的文化水平。他在一則政令中，廢止貴族頭銜、禁止懸掛盾徽，以打擊一些權貴家族傲視萬物的習性。
他試圖廢除長子繼承製，但未能如願。他開闢了一家公共墓地，並在一定程度上允許新教徒的存在，以此削弱天主教會的權力。為了教育公眾，他創辦了公共圖書館，重新開辦了國民學院，贊助印刷業。他還支援一種英國式的教學方法。
奧希金斯嚴謹正直、好心一片，但他把許多變革強加給民眾，得不到民眾的支援。讚賞他的人認為，他是個開明的君主；反對他的人則認為，他是個獨裁者。他動用軍隊維持秩序，甚至強制智利貴族服從他。他錯誤地認為：沒有他們的配合，他就能使智利改天換地。
然而時至1822年末，他失去了對其老部下拉蒙·弗萊雷指揮的康塞普西翁駐軍的控制。聖地亞哥的權貴集團步弗萊雷之後塵，召集市政會公開會議，要求奧希金斯辭職。奧希金斯起初不信邪，拒絕了其要求。市政會執意要他交權，他別無選擇，遂發表一個莊重的、富有愛國激情的引退宣告，隨後離開智利，終老秘魯。
8.新領導：奧希金斯引退後，由一臨時執政委員會掌管智利，但時間不長。臨時執政委員會頒佈新貿易法，降低、簡化關稅，從而很快就博得了商人們的歡心。軍隊指揮官拉蒙·弗萊雷接替最高執政官一職。他同意召開國民代表大會，預設了代表人選，並批准了一部新憲法。遺憾的是，大會代表爭吵不休，促使弗萊雷將其遣散，獨攬大權。
不過弗萊雷還是採取了一些自由主義措施的。他廢除了奴隸制，解放近萬名從事農業勞動和家務勞動的非洲人及馬普切人。他還力排異議沒收了教會財產。他的這一行動，加上與聖地亞哥主教的衝突，使到訪的梵蒂岡使者開始持敵對態度，從而推遲了與羅馬關係的正常化。
9. 財政問題：弗萊雷掌權不久，奧希金斯簽約借貸的一筆英國貸款撥到智利。貸款總計近300萬比索，智利政府將其中一半貸給秘魯以付軍費開支。弗萊雷未將剩餘的款項用於公共工程，而是將50多萬比素撥為1823年預算款，將另一些用於攻打盤踞在奇洛埃島上的西班牙人的戰鬥。
餘款下落不明。一年不到，貸款花光；而國家每年得向一家英國銀行支付35萬餘比索。這個數目相當於政府年收入的20%。弗萊雷解決財政問題的辦法是跟一傢俬人公司立約，由該公司支付英國貸款，而報之以煙、酒專賣權。然而，獲得專賣權的這家公司——波塔萊斯一塞亞公司——未能支付英國貸款，遂宣告破產，停業清理。政府亦深陷財政危機，停止支付英國貸款，20年後才開始支付這筆貸款。
弗萊雷陷入財政危機的部分原因在於貿易的嚴重萎縮，而獨立後貿易是國家稅收的主要來源。弗萊雷拋售被沒收的教會財產，效果不佳，收入甚微。不光是經濟形勢困難，資金管理尤其雜亂無章。國庫空虛，弗萊雷政府不得不停止支付自己的期票。
弗萊雷政府後來尋求借貸時，其差勁兒的信譽封住了所有金融機構的大門。1826年，長期的財政困境加上政治紛爭，促使弗菜雷辭職下臺。他夢想重掌政權，曾在軍隊中的朋友協同下多次圖謀接管政府，但均告失敗。
1826年至1831年動盪不安，有數位領袖人物先後出任總統。弗朗西斯科·安東尼奧·平託最負盛名。他是一位律師、礦主、商人、將軍和外交家，具有卓越的領導才能。他不是聖地亞哥人，他在拉塞雷納經營礦業。
他偏愛聯邦制，因為聯邦制能使他所在的富裕地區——該地區擁有智利全部出口額的一半以上——獲得自主權。因此，他支援載入1828年自由主義憲法的聯邦制，該憲法還廢除了長子繼承製。保守的聖地亞哥權貴們卻反對這兩條，四處活動，力挖平託政府的牆腳。
10. 獨裁統治：1829年9月舉行的新選舉中平託再次當選為總統，但副總統人選一時難以定奪。圍繞副總統人選這一問題展開的鬥爭使國家失控，平託辭職。
為支援平託的聯邦制，康塞普西翁和拉塞雷納撤銷了對新國民政府的承認。聖地亞哥的保守派竭力勸說康塞普西翁的一批軍官同他們聯手。自由派軍隊與保守派軍隊在利爾卡伊戰場交火。保守派獲勝後，控制政府達30年之久。
19世紀20年代，議會開了一屆又一屆，憲法換了一部又一部，但均未能在治國方略上求得一致。現在保守派用武力達到了這一目的。據史學家胡利奧·海斯所說：保守派恢復了殖民主義制度，廢止公民自由，取消宗教自由。然而他們在經濟政策方面則極為開明。
令人遺憾的是：武力成了使國家統一的唯一手段，這是因為當年的不和並不是社會階級之間的分歧，而是權貴集團內部派別之間的意見分歧。政府嚴重的財政狀況更加劇了爭吵。
某領袖人物想要奪取政權，就得組成利益聯盟，這其間通常包括軍隊中某個集團的利益。他一旦掌了權，就要冒險解散爭吵不休的議會，強制實行獨裁統治。雖然有些史學家認為奧希金斯行為如同獨裁者，但是他在聖地亞哥的權貴們公然反對他時，卻決定辭職而不是爭鬥。
19世紀30年代居統治地位的保守派要獨裁得多。19世紀40年代和50年代，這一派別在組織和思想上確實開放多了，但還是發生了一些嚴重的暴亂。保守派掌權期間，19世紀20年代的自由主義思想並未被遺忘，反之，倒成了19世紀60年代實行議會統治的歷史里程碑。