上海派遣軍軍司令官朝香宮鳩彥王為日皇裕仁的叔父，於1937年12月2日始被日皇任命繼松井（晉升為華中方面軍總司令官）為上海派遣軍司令官，而於12月5日趕至前線就職，他勢必與各師團長經常以電話電報聯絡，就近指揮 。另據第十六師團第三十八聯隊副官兒玉義雄的回憶：“當聯隊的第一線接近南京城一、二公里，彼此正在混戰時，師團副官以電話說是師團命令：‘不能接受支那兵的投降，並予以處置。’……師團長中島今朝吾這個命令我實在無法接受，我曾對參謀長及其他參謀建議過幾次，但未能獲得其同意，所以我也有責任。”
第三十八聯隊長助川靜二大佐在證言中說，屠殺俘虜的命令是師團長所下的。 中島師團長在其1937年12月13日的日記說：“因採取大體不留俘虜的方針，故決定全部處理（屠殺）之，據知僅佐佐木部隊就處理掉約15000人，守備太平門的一中隊長處理掉1300人，現集中在仙鶴門附近的，約有七千到八千人，而且俘虜還在不斷來降。
上海派遣軍的第十三師團屬下之山田支隊（即第六十五聯隊）於12月14日在南京東北幕府山附近獲得中國俘虜14000餘名。經山田少將支隊長上報請示處理辦法，軍部三次向東京大本營軍部請示，第三次覆電為“按照軍司令部的責任去幹”，遂有朝香宮司令官及師團長所下達的一連串“處理掉”的命令，該批俘虜延至19日上午始動員予以全部殺掉。
“南京大屠殺”中殺我軍民最多的是第十六師團。其次是第六師團。第六師團是屬於自杭州登陸的第十軍。其軍司令官是日軍皇道派，支援1936年“二二六”政變的三將領之一的柳川平助中將（1879年-1945年）。他在杭州灣登陸的演說中曾說：“山川草木都是敵人。”該軍“軍參謀長的注意”有“對支那老百姓的注意”一項：“在華北尤其是上海方面的戰場，一般支那老百姓，縱令是老人、女人或者小孩，很多幹敵人的間諜，或告知敵人以日軍的位置，或加害於日軍的單獨兵等等，有這樣的例項，故不能粗心膽大，需要特別注意，尤以後方部隊為然。如果發現這些行為，不得寬恕，應採取斷然處置。”
柳川第十軍的隨軍記者乃說：柳川兵團的進攻之所以如此迅速，是因為在官兵之間有“可以任意掠奪、強姦的暗默諒解。”柳川麾下的第六師團，其師團長谷壽夫中將為中國軍事法庭因“南京大屠殺”而判處死刑的最高將領。他本人就是罪魁。
如同第十六師團長中島，谷也親自用軍刀殺人，他本人強姦中國婦女十餘人。第六師團的隨軍攝影記者河野公輝曾在該師團司令部看到一份上級傳達的命令：“不容許共產主義的暴虐，為粉碎“共匪”的猖獗活動，農民、工人自不待言，直至婦女兒童皆應殺戮之。”難怪該師團進入南京後，立即屠城。
松井石根個於1937年12月7日發出“南京城攻略要領”之作戰命令：即使守軍和平開城，日軍入城後也要分別“掃蕩”。對戰俘問題未提隻字。在“掃蕩”的名義下，不僅可屠殺戰俘和散兵（日軍稱之為“敗殘兵”或“便衣兵”），亦可屠殺平民。南京淪陷第三日（12月15日），松井再發出作戰命令：“兩軍（上海派遣軍和第十軍）在各自警備地區內，應掃蕩敗殘兵，收集隱匿之武器與軍需器材，掃除戰場。”所謂“掃蕩敗殘兵”，意即屠殺戰俘與散兵。松井和各師團長的“不要接受俘虜”，“槍斃俘虜”，甚至“難民”的命令已昭然若揭。