16世紀末，馬普切人極欲將西班牙人趕出其領地。1598年，他們伏擊並殺死了正在南部地區巡視的都統馬丁·加西亞·奧涅斯·德·洛約拉和50名西班牙士兵。在其後的5年裡，他們在整個南部地區發動了起義。他們也侵擾與佔領城鎮，有時是西班牙人因驚恐而棄城逃亡。
他們在佔領城鎮後，往往處死所有男丁，而將婦女和兒童分給各家各戶。有種估計認為：僅在兩年的時間裡，馬普切人就殺死了700名西班牙士兵，抓走了300名婦女和兒童，掠走了1萬匹馬、50萬頭牛。馬普切鬥士視西班牙婦女為戰利品，教她們馬普切語及其習俗。西班牙人如果無法將她們救出，就會發現她們已習慣於馬普切人的生活方式，許多人不願再回家了。
馬普切人不僅壯大了他們的騎兵隊伍，也完全掌握了打伏擊的戰術。他們將西班牙人誘至山坡，往往只留一條逃生之路。馬普切人的步兵用繩套套住西班牙人的脖子，將其拉下馬並在他們爬起來前對他們進行攻擊。
馬普切軍隊的第一梯隊如果被打退，預備隊就會不斷髮起攻擊，直至西班牙人被打垮。另一戰術是在西班牙人必經之路挖坑，將削尖的木棍插入坑內，偽裝好。西班牙人的馬匹一腳踏空，栽倒在地，非死即傷，騎手措手不及，極易被馬普切鬥士捕獲。
馬普切鬥士也將繳獲來的西班牙武器同他們的長矛和木棒一起使用。為了進一步引起西班牙人的恐慌，他們用被打死的西班牙士兵的骨頭製成風笛和鼓槌，進攻時製造一種令人難以忍受的嘈雜喧鬧刺耳聲浪。他們往往處死俘虜，啖其心，將其頭顱製成酒碗。
這種心理戰加上創新的戰術手段，使馬普切人徹底消除了西班牙人的軍事優勢。17世紀，西班牙人眼看自己由勝利走向了失敗，羞愧難當，於是懇求西班牙國王派軍隊增援。整個殖民地一片恐慌，人們都準備離開智利奔走他鄉了。
為了穩定人心，都統阿隆索·德·裡貝拉在比奧比奧河北岸構築了防禦工事，但他企圖重新徵服南部地區時慘遭失敗。智利的失敗訊息傳到西班牙的西印度院時，引起人們對殖民地的擔憂。
除馬普切人的起義外，歐洲敵國也攻擊智利。英國海盜理查德·霍金斯和巴塞洛繆·夏普突襲海濱城鎮瓦爾帕菜索和拉塞雷納。與此同時，荷蘭人又試圖在智利南部地區建立永久性殖民地，這是荷蘭西印度公司欲在其已於巴西北部地區和哈得孫河流域建立了殖民地的同時再到智利建立殖民地的總體計劃的一個組成部分。
為實現這一目標，1643年荷蘭人劫持航行在智利沿海的船隻，佔領奇洛埃島，透過談判同馬普切人結盟。然而健康問題和食品短缺使他們放棄了在智利建立殖民地的計劃。
為應付這來自多方面的威脅，西班牙國王決定組建一支正規軍。跟在大多數殖民地的做法一樣，西班牙國王以往在智利靠的是比較省錢的當地民團。
有了正規僱傭軍，莊園主和礦主們就解脫了，再也不用出人、出錢了。然而智利的稅收難以支撐這筆新開支，因此西班牙國王不得不每年從秘魯調撥12萬杜卡多的特殊補助金，用以供養這1500人的部隊。這支部隊人數似乎不多，但對殖民地智利來說就不少了。
像秘魯和新西班牙這樣的一些比較富庶的殖民地，也全都是靠民團自衛的。幾年下來，這支部隊也未能降服馬普切人，致使西班牙國王不得不尋求其他解決問題的辦法。