弗朗西斯科·德·比利亞格拉認為國王應該對他保住殖民地表示謝意，任命他為都統。但他錯了。就殖民地政府官職而言，功勞的重要性比起政治影響和家族關係來要小得多。
秘魯總督任命他的兒子加西亞·烏爾塔多·德·門多薩為智利都統。烏爾塔多·德·門多薩的社會出身與征服者們完全不同。征服者們是平民出身，憑著頑強的意志力贏得了榮譽；而他屬於西班牙貴族階層。他除了這一貴族身份的影響外，還帶有一批律師、教士和忠實計程車兵。
他一到智利就逮捕了比利亞格拉和另一名征服者弗朗西斯科·德·阿吉雷，為其新政權抹上了一層嚴酷色彩。他要求瓦爾迪維亞的老部下必須在言談舉止上像西班牙貴族那樣聽從命令。這些老兵以為他們征服了智利並享有委託監護權，社會地位已然上升；然而新都統卻提醒他們別忘了自己卑微的社會出身。
加西亞·烏爾塔多·德·門多薩也帶來了一種嶄新的征服和擴張理念。首先，他鼓勵西班牙人到安第斯山東邊去開拓殖民地。他的助手在庫約地區興建了門多薩和聖胡安。
18世紀70年代以前，庫約地區一直歸智利管轄。其次，他揮師向南挺進，興建奧索爾諾鎮，勘察了奇洛埃島。他的行動未受到印第安人的強烈反對，自以為西班牙人又控制住了馬普切人。再次，他推動對智利海岸線的勘察，向南一直到麥哲倫海峽。
他為了獎賞自己的追隨者，概奪了許多早期征服者享有的委託監護權，分配給其下屬。這會兒決定委託監護權的歸屬和社會地位的，是政治影響而非早先的功績。
這位都統制訂了一系列條例，規定善待印第安人，以示自己的公正。他意欲執行西班牙國王抑制委託監護制弊端的諭旨，要他的法律顧問埃爾南多·德·桑蒂延起草一份勞動禁令條例。
1559年宣佈的這份條例禁止使用女工、童工，規定向所有勞工提供食物、發放工資、然而委託監護主們很少在意這些規定。20年後的都統馬丁·魯伊斯·德·甘博亞採取激進措施，根除強迫勞動，代之以納稅。這一改革同先前的條例一樣，難以實現西班牙人實行自由人的勞動和使馬普切人免受虐待的願望。17、18世紀期間，歷任都統在解決這一問題時面臨著同樣的難題。
就在烏爾塔多·德·門多薩不斷向馬普切人的領地推進的時候，馬普切人的新領袖考波利坎在康塞普西翁附近發動了起義。起初他獲得了勝利，但西班牙人在一次突襲中逮住了他，將他釘在尖樁上，為被殺害的西班牙人報仇。考波利坎的戰鬥雖然失敗了，但他的名字卻因一部智利史詩《阿勞坎之戰》而永垂不朽。
史詩作者阿隆索·德·埃爾西利亞是一位士兵詩人，他參加過與馬普切人的戰鬥，決定用詩讚頌馬普切人的領袖。埃爾西利亞視西班牙一馬普切之戰為新大陸式的特洛伊戰爭。他認為佩德羅·德·瓦爾迪維亞、烏爾塔多·德·門多薩與勞塔羅和考波利坎就好比是《伊利亞特》中的英雄人物。
他的詩作並未真實地描繪西班牙人和馬普切人，但他所描繪的衝突場面激動人心，詩意盎然，使得詩作成了智利特性形成的重要源泉。
加西亞·烏爾塔多·德·門多薩執政期間在謀求其自身利益和西班牙國王利益時的所作所為並不高尚。失去委託監護權和其他特權的老一輩征服者們忿忿不平，向西班牙國王和西印度院提出控告。他們一面遞訴狀，一面派人提申訴。
值得注意的是：西班牙國王精於利用這些聯絡方式瞭解情況、維護其自身在這方領地上的利益。控告烏爾塔多·德·門多薩的訴狀和人員越來越多，西班牙國王於是將他免職，任命老一輩征服者弗朗西斯科·德·比利亞格拉為都統。比利亞格拉上任時正趕上又爆發了新一輪的馬普切人大起義。
兩年後比利亞格拉自然死亡，起義的馬普切人依然活躍，開始了一段政治不穩定的時期。1567年，西班牙國王創設了一個新統治機構“檢審庭”，行使司法職權，試圖解決問題。
西班牙國王為了確保自己的影響力，挑選任命不同型別的行政官員，以防一方獨攬大權。馬普切人的起義造成了一個令人意想不到的結果，即殖民地的領導層平民化起來。
在像秘魯和墨西哥這樣一些風平浪靜的殖民地，西班牙國王喜歡從西班牙貴族中挑選官員；而在智利，他通常挑選軍人擔任行政官員。這些老兵雖然社會地位低下，但西班牙國王認為他們更有擊敗馬普切人的能力。
馬普切人起義造成的另一個令人意想不到的悲劇性結果是：他們的起義成了殖民者奴役印第安人的口實，成了殖民軍收入的重要來源。西班牙國王起初是禁止奴役印第安人的，而馬普切人猛烈而長久的反抗使他修改了政策。
1608年，他下詔准許奴役智利的印第安人叛逆者。這一詔書為此後兩個世紀裡對印第安人施虐開了方便之門。詔書雖然禁止奴役婦女和兒童，但被奴役的大部分印第安人卻正是婦女和兒童，因為他們更容易被抓獲。西班牙士兵出擊的目的往往就是為了抓俘虜，而不是要打敗馬普切人。
由於逮住一個印第安人可以得到300比索的獎賞，每次突襲馬普切人領地的行動差不多都要賞出數千比索。這種營生在後來發展到了肆無忌憚的程度。有位名叫羅德里戈·德·基羅加的都統為了抓俘虜，甚至攻擊那些反對鬧事的印第安人。
他及其繼任者們將俘虜賣給莊園主和礦主——為他們服勞役的印第安人已死亡或已逃跑。有些都統甚至將俘虜賣到秘魯。獵奴行動在很大程度上成了軍事行動的一個組成部分，就連那些“友好的”印第安人也捕捉其他印第安人而將其賣為奴隸。一些馬普切人被賣身為奴後會逃跑，設法跑回家。為防止奴隸逃跑，奴隸主甚至會割斷其一條腿的腳筋，使其只能一瘸一拐地走路，再也不能跑了。當然，比這更為殘忍的虐待手段也不鮮見。