天主教會提出了自己的解決辦法。教會也關注馬普切人的起義但關注的原因不同。從在加勒比海島嶼進行殖民活動開始，教會就確定了其在美洲的使命是使土著皈依基督教。教士們跟隨征服者到了墨西哥和秘魯，為數百萬剛被征服的土著施行了洗禮。
教士們親眼目睹了這些新教徒所遭受的殘酷剝削，因此向那些征服者和委託監護主發出威脅，要將其逐出教會。像巴託洛梅·德·拉斯卡薩斯神父這樣的一些極力保衛印第安人的宗教人士將這一情況向西班牙國王作了報告，懇求他對使用土著勞力嚴加管束。
其實，到智利的第一批教士不贊同拉斯卡薩斯的正義觀、體恤情，因而並不反對佩德羅·德·瓦爾迪維亞對印第安人的征服和虐待。
直到瓦爾迪維亞死後，多明我會的希爾·貢薩萊斯神父才宣稱，瓦爾迪維亞向印第安人發動了一場非正義的戰爭。他說那些追隨瓦爾迪維亞行事計程車兵們將萬劫不復，將受罰下地獄。智利南部地區的第一位主教方濟各會的安東尼奧·德·聖米格爾神父支援這一說法。
他拒絕聽取與印第安人作戰的西班牙士兵的懺悔，拒絕赦免他們的罪過。這種說法和做法顯然有違軍事首領和委託監護主們的意願的，因為他們的財富得靠對印第安勞力的剝削。結果是他們成功地制止了教士們維護社會正義的運動。
1593年耶穌會到智利後，發生了引人注目的變化。耶穌會最重要的領導人是一位名叫路易斯·德·瓦爾迪維亞、但與佩德羅·德·瓦爾迪維亞沒有親戚關係的神父。
他認為馬普切人的起義完全是他們受剝削的結果。他提出的解決辦法是實行一種稱之為“防禦戰”的極端政策，即要所有的西班牙人撤出馬普切人的領地。
他提出，只允許負責使馬普切人皈依基督教的耶穌會士進入那一地區。軍人和委託監護主們堅決反對他的政策，但路易斯·德·瓦爾迪維亞和耶穌會對西班牙國王進行遊說，成功地使他批准了這一政策。
耶穌會曾說服西班牙國王在巴拉圭實施相同的政策，開始時事情進行得很順利。智利的情況則不一樣。耶穌會士們所面對的，不僅是智利半個世紀以來的戰爭狀態和互不信任，還有那從戰爭中獲利的既定集團。
軍事首領們靠出售俘獲的印第安人奴隸增加自己的收入，而莊園主和礦主則想得到更多的勞工。一些馬普切人也從偷盜西班牙人莊園的東西中得到好處。耶穌會士們怎麼能改變這一狀況呢？這場防禦戰尚未開展，就發生了一場大悲劇。
有種說法是：馬普切人酋長安迦納蒙的妻子皈依基督教後住進傳教區，不想再回到她丈夫身邊了。這位憤怒的酋長和一些鬥士出於報復攻擊當時正在埃利庫拉附近佈道的三名耶穌會傳教士。他們殺了傳教士後，策馬向北越過瓦爾迪維亞設定的防線，劫掠西班牙人的殖民點。
大多數西班牙人都反對防禦戰，因此對他們說來，埃利庫拉慘案就是耶穌會士的政策根本行不通的明證。他們懇求西班牙國王讓軍隊來解決印第安人問題。
其他教派和在俗教士也以不同的理由宣佈反對防禦政策。他們反對由耶穌會一家壟斷馬普切人地區的傳教活動。在防禦戰遭到來自各方面的批評的情況下，路易斯·德·瓦爾迪維亞認為他得回西班牙進行辯護。
然而他未能如願。兩年後上任的新都統佩德羅·奧索雷斯·德·烏略亞與馬普切人全面開戰。烏略亞為自己採取行動提出的理由是，馬普切人殺害了400個西班牙人、偷盜了2500匹馬、放跑了1500名勞工。他還聲稱，有46名西班牙士兵開小差逃到馬普切人那裡正向他們提供幫助。為了提高部隊計程車氣和向莊園主和礦主提供更多的勞力，烏略亞決定讓士兵們迫使所有在戰鬥中被俘的馬普切人成為奴隸，並可以出手倒賣。
17世紀20年代提出的耶穌會和平計劃似乎已無效用，然而這計劃的一些精神仍不時有所體現。例如，17世紀40年代，白德斯侯爵出任都統伊始即承認馬普切人在南部地區的自主權。他邀請他們的首領到基林會談，並做出了友好姿態，向每位與會者贈送了禮品。
雙方達成和平協議，並用葡萄酒和奇恰酒共同舉杯慶賀，而後舉行了一次烤肉野餐，以歌、舞助興。遺憾的是這一和平協議跟前幾次一樣沒有得到很好的落實，但開創了舉行議事會、互贈禮品和舉行慶祝活動這一傳統做法，領袖人物以此透過談判解決敵對問題。