由於阿爾馬格羅犯上，皮薩羅宣稱他的子嗣已失去承繼新托萊多的權利。而為了報答他忠實的朋友佩德羅·德·瓦爾迪維亞，皮薩羅在沒有徵得西班牙國王卡洛斯一世同意的情況下，就下達特許狀讓其征服智利，開拓殖民地。
由於阿爾馬格羅的探險活動歷經磨難，瓦爾迪維亞很難招到志願入夥者，最後只有為數不多的人跟他一起上路。他們沒有走玻利維亞那一路，而是沿海岸向南進發。印第安人對他們很冷漠，甚至懷有敵意，這是可以理解的。
瓦爾迪維亞選定馬波喬谷地為建立第一個定居點的地址，命名為聖地亞哥一德一新埃斯特雷馬杜拉。馬波喬河裡有淡水可供飲用，河邊有天然形成的懸崖可設瞭望哨。他舉行了奠基儀式，表明西班牙和他本人對這塊土地擁有合法的所有權。而後他沿用其他西班牙人為了使自己的權力更具合法性而實行過的程式，先選人組成市政會，市政會再選舉他為都統。
瓦爾迪維亞根據西班牙國王的規定，將城市規劃成棋盤狀。他將中心廣場設在離河數街區遠的地方，大教堂設在廣場西側，政府大樓設在廣場北側。他將城中各街區劃分成四份房地產，後來又分成八份。殖民者們接著開始建造臨時住房，土坯壘牆，茅草蓋頂，十分簡陋。
早先受過虐待的印第安人不斷對他們進行騷擾。當地印第安族群不願看到外人入侵他們的土地，數月後對這一尚未安排就緒的殖民點發動攻擊，差點兒將其完全摧毀。殖民者們誓死為生存而戰，就連瓦爾迪維亞的老婆也操劍投入了戰鬥。戰鬥平息後，殖民者們一天24小時處於戒備狀態。他們第二年種植小麥、燕麥和玉米時，也在田間地頭來回守衛。
瓦爾迪維亞開始進一步的探險活動。他要搜尋印卡人從智利弄到的財寶：黃金和印第安人勞動力。由於西班牙人已征服了秘魯，瓦爾迪維亞及其一夥認為他們有權享有這兩種財寶。在瓦爾帕菜索以北離海岸不遠的地方有個印第安人向他指出了馬加馬加金礦所在的位置，馬普切人曾為印卡人開採過這一金礦。
瓦爾迪維亞實施委託監護制，徵調印第安人開採金礦，不出數月就生產出了價值7000比索的黃金，其後的六年間生產出的黃金價值達23萬比索。瓦爾迪維亞不久又發現了其他一些金礦，根據委託監護制徵調更多的印第安人從事開採活動。
即使在冬季，他也不分男女強迫印第安人用淘選盤在河裡淘金。失去自由的印第安人，受苦受累，不斷有人死亡，從而在所有印第安族群裡引起了強烈的怨恨情緒。瓦爾迪維亞偏愛黃金，使他忽略了農業商品化的潛在價值。他引進了穀物和牛，專供西班牙人食用，卻沒有開發其潛在的商業價值。而他的後繼者們則發現了智利農業的潛在價值。