民主聯盟的支持者們帶頭支援軍隊時，支援阿連德政府的人只在為自己的生命擔心。軍隊搜捕數千名人民團結陣線的骨幹分子，將他們關押在全國各集中點，最大的一一個集中點是國家體育場。像民歌手維克托·哈拉這樣的一些名人被捕後就“失蹤”了，哈拉的屍體後來被發現。
激進的自由作家查爾斯·霍曼被關進國家體育場後也“失蹤”了。他父親尋找他屍體的不懈努力成了《失蹤》這部書及同名電影的主題。失蹤者多達3000人，十多年後才有關於其屍體掩埋地的報道。
人民團結陣線的一些高階官員躲進外國使館避難。那些未能進入使館者則被軍隊逮捕送進了南部地區和南極地區的一些拘留營。軍隊宣佈實行戒嚴和宵禁。國民衛隊隊員手持衝鋒槍在街頭巡邏。軍隊時不時突擊拽查貧民區，隨意速捕人，關上一兩天，再無罪釋放。其目的是製造恐慌。那些反對軍隊特別積極的人遭逮捕，受拷打，有的會被處決。
天主教和其他一些人權活動家反對這種恣意妄為的行動，而基督教的一些主要領導人還在為是否要公開批評軍隊傷腦筋。1976年，前總統愛德華多·弗雷定必須宣佈反對政府侵犯人權的行為。他起初曾支援過軍事政變，但這會兒提出了恢復民主的要求。皮諾切特立即不失時機地對他進行誹謗，指責他沒有愛國心、天真地同左派勾結。
政府不斷對他施壓，以至他1982年1月在做一次常規手術時神秘死亡後，他的家人和朋友們推測可能是軍人毒死了他。真巧，一個月後勞工領袖圖卡佩爾·希門內斯遭暗殺。他同弗雷一樣，也是起初支援軍政權但後來對其採取了反對態度。
一些流亡在外的智利人直言不諱地反對軍政府。國家情報局懼怕189這些反對言論，策劃了使其消失的海外行動。政變一年後，布宜諾斯艾利斯發生了一起汽車炸彈爆炸事件，炸死了智利武裝部隊前總司令卡洛斯·普拉茨和他的妻子。第二年，基督教民主黨領導人貝爾納多·萊頓在羅馬遭槍擊，但未死。
1976年，一枚汽車炸彈炸死了阿連德政府駐美國大使奧蘭多·菜特利爾。這一暗殺事件發生在華盛頓，所以美國司法部追查了殺手隊留下的線索，發現有確鑿證據證明是國家情報局指使其特工和古巴流亡者實施的爆炸。美國的調查發現了投彈者的身份，將其引渡到了美國，但未能引渡成批准暗殺行動的國家情報局的頭頭。國際輿論集中指責國家情報局，皮諾切特遂決定將其解散，但又成立了另一情報局代行其事。
智利國內的一些人甘冒喪失個人生命的風險，堅持反抗軍人統治。工會會員在人民團結陣線的溫和派和基督教民主黨人的支援下參加和平罷工和抗議活動。所不幸的是，他們往往遭逮捕、受拷打、被放逐他鄉。與和平示威截然相反的是人民團結陣線中的左派集團（如左派革命運動），他們決定從事武裝鬥爭。他們組織城市遊擊小組，曾多次同國民衛隊交火。
1983年，他們成功地暗殺了聖地亞哥市市長，招致軍隊進行報復，許多游擊隊員被逮捕、殺害。著名的左派革命運動領導人帕斯夸爾·阿連德擔心會出現最壞的情況，遂到哥斯大黎加尋求避難。在這暴力橫行時期，天主教教區牧師團結會向那些被捕者提供法律支援，幫助有關的親屬尋找“失蹤者”。這一時期民事法庭仍在運作，但大多數法官不是軍隊的支持者就是脅從者，因而很少提供人權保護。
軍隊的反馬克思主義運動使其全然不顧國外對其報復行為所引起的普遍反感情緒。智利境外的評論家們認為，這一系列逮捕、暗殺事件證實了先前有關軍政權野蠻殘暴的傳聞。然而皮諾切特認為他是在進行一場聖戰，越來越肆意妄為，就是對一起共事的軍官也決不客氣。
他要求軍事執政委員會的其他成員任命他為總統。空軍的古斯塔沃·利將軍多次表示反對皮諾切特擴充個人的權勢，但卻徒勞無益。1978年7月，皮諾切特出手進行報復，強行將利將軍免職，致使九名空軍將領辭職以示抗議。皮諾切特為了確保軍內對自己的支援，遂提升效忠自己的軍官、購置新裝備、增加軍餉和福利待遇。他為了進一步確保武裝部隊有足夠的財力，下令將銅出口收入總額的10%劃撥給武裝部隊。他還任命一委員會修改憲法，載入軍隊有保護國家的神聖職責。
這一文獻規定：國家如果面臨威脅，軍隊有權為了國家利益進行干預。憲法創立國家安全委員會協助軍隊確認是否存在著威脅。新憲章規定要透過選舉組成議會，但最早要到1989年才能舉行第一次選舉。選舉制度確保影響大的少數黨擁有代表，這可以阻遏修改憲法的企圖。1988年舉行全民投票，決定皮諾切特是否將繼續任總統至1997年，抑或其他人是否也能參加總統競選。
為了製造這一新憲章得到公眾支援的景象，他於1980年舉行了一次嚴密控制的公民投票。絕大多數智利人認可了新憲法，這使軍事統治在法律上具有了合法性，同時也確定了軍隊必須遵守的規則，而皮諾切特在1980年尚未看清這一點。他的政權行使著幾乎是無限的權力，而繁榮的經濟又使其安然一時，但後來發生了危機，他自己制定的憲法就轉而束縛了他的手腳。
軍隊在竭力使國家實現和平、使自己的統治合法化的同時，也著力整頓經濟秩序。軍隊全力恢復市場運作和財產權，放鬆價格控制，將一些企業還給原先的主人。通貨膨脹壓力加大，致使物價上漲，商店貨架上又堆滿了商品，但只有富人才買得起。
失業率上升，工人階級是雪上加霜。公民自由缺失，國內外批評之聲不斷高漲，將軍們想盡快使國家富起來，以求得更大的支援。他們從工程師的角度看問題，認為發展是一個規劃和建設過程。他們中沒有什麼人學過經濟學，卻認為經濟學是一門跟他們自己學過的工程學密切相關的學科。他們沒有認識到經濟理論的社會內涵。
當芝加哥大學培養出的一批經濟學家向奧古斯托·皮諾切特提交了一份國家變革計劃時，他立即看上了他們的計劃。他們提議邀請他們的導師米爾頓·弗裡德曼到智利為決策者和工商企業巨頭舉辦講座。弗裡德曼是諾貝爾經濟學獎得主、世界許多國家的顧問，他的這種地位也能使軍政權在國際商貿界的影響有所擴大。1975年3月，米爾頓·弗裡德曼抵達智利，受到了熱烈歡迎。
他在三天的講座中，扼要地講述了發展市場經濟的方法，即使大多數政府下屬機構私有化，大幅度削減政府開支，鼓勵對外貿易和外國資本的投入。要實施如此重大的變革，弗裡德曼建議不要拖泥帶水延緩時間，要大刀闊斧立即行動。他稱之為“休克療法”。
他承認這一做法短期內要付出高昂的社會代價。銀根緊縮將使需求下降、使失業率上升、使貧困加劇。然而弗裡德曼預告，經濟將徹底好轉，惠及每個人。根據這一觀點，智利長期的發展問題就能最終獲得解決了。皮諾切特認為弗裡德曼的方法可行，遂授權“芝加哥信徒們”編制規劃，將國家推上發展道路。