智利無人預見到軍事統治將會如何改變其生活。人民團結陣線的 成員昨天是政府領導人，今天就成了流亡者。民主聯盟的支持者們都對人民團結陣線被推翻歡欣鼓舞，他們中的大多數人對其未來的政治作用還抱有天真的想法。
基督教民主黨的領袖們錯誤地認為軍隊將會很快恢復文官政治制度，並認為他們是反對人民團結陣線的，因而有權促進公民社會的重建工作。保守黨領導人則不那麼想要恢復民主政治，他們擔心左派政黨再度興起。
而政變後掌權的軍事執行委員會則擔心選舉和公開辯論會引起更大的動亂，將國家危機的發生歸咎於傳統政治。執政委員會的成員們沒有決定掌權的期限，沒有說是否將恢復1925年憲法，也沒有說將如何管理經濟。
民主聯盟內要求儘快恢復1925年憲法和文人政府的呼聲很快就被要求進行長期軍事統治的呼聲淹沒了。執政委員會及其一些保守派文人盟友決定對國家制度作重大修改。執政委員會下令停止一切民間政治活動，而幕後則有兩大親軍方集團在爭寵。
保守的天主教集團要求軍方開展類似於西班牙弗朗西斯科·佛朗哥開展的那種政治運動，而保守的經濟集團則要求軍方注重新自由主義的經濟變革。這兩大集團對政府都有影響，但兩年內經濟集團佔了上風。經濟學家們都是在國外受的教育，他們中的許多人都在芝加哥大學得過博士學位，因此人們給他們起了個“芝加哥信徒”的綽號。
他們竭力將新自由主義原理應用到智利生活中的方方面面，不僅使被沒收的企業和莊園私有化，還使許多以往一直由政府控制的服務行業也私有化了。這些服務行業包括醫療保健、社會保險和教育。全世界保守的思想家們都在注視著智利正在進行的這一私有化實驗。20世紀70年代末的持續繁榮，使智利的那些原本持懷疑態度的人也開始信奉這一新經濟模式了。
國際上的一些評論家將這一模式推薦給拉丁美洲其他國家。然而20世紀80年代初經濟嚴重衰退，人們的看法迅速來了個180度大轉彎。大多數金融機構破產，政府難以償還外債，所以就連那些保守的支持者也對經濟改革表示了懷疑。
1974年末開始任智利總統的奧古斯托·皮諾切特成了批評其政權者們的攻擊目標。他們聯合了形形色色的反對派人士，就公民權的喪失提出抗議，要求皮諾切特下臺。他們沒有達到目的，但於1988年挫敗了他謀求連任八年總統的企圖。1989年他們選出了一位新總統和一個新議會，準備恢復文人統治。1990年新領導上任，17年的軍事統治結束。皮諾切特的影響猶存。新政府承繼了欣欣向榮的經濟，這有助於其建設一個更為公正的社會。
跟智利許多機構的成員一樣，軍隊的領導人也有著不同的社會背景和不同的信仰。大多數軍官出身於中產階級家庭，只有海軍軍官多半來自上層階級。軍事政變前只有少數高階軍官支援人民團結陣線，但許多士兵都支援人民團結陣線。大多數高階軍官都支援基督教民主黨。保有軍職的右翼強硬派不多。所有的軍官都懷有深深的愛國主義情懷，忠於職守及其司令官。他們還要力保其職業生涯，如果得不到晉升就得退役。軍隊等級森嚴，影響大的集團一旦控制了指揮權，就會有大多數軍官和士兵服從命令——即使他們並不贊同其指揮官的政治主張。
人民團結陣線政府最後的九個月裡，阿連德試圖恢復人們對其政府的信任，約請了幾名軍官出任其內閣部長。人們相互攻擊，其激烈程度為智利有史以來所罕見，偏執已見，不容他說，公民社會慘遭破壞；阿連德內閣中的軍官們對治國理政時的所見所聞至為不滿。特別使他們惱火的是人民團結陣線政府內部政見分歧、成天爭論不休，這使他們至為茫然，到底誰在主政。
國家陷入一片混亂，一批高階軍官經醞釀形成了一致意見：他們必須接管政府。強硬派率先發動政變，推翻人民團結陣線後建立起了他們所說的秩序、而不是重建公民社會。軍事執政委員會主席奧古斯托·皮諾切特要智利人放心：武裝部隊的行動完全是出於愛國情懷。他未提及已逮捕了一些忠於阿連德的軍官一事，而是強調了武裝部隊的團結一致。他將國家綱紀的廢弛歸咎於政治家們，說他們將自己的利益凌駕於國家利益之上。他遂依據這一邏輯中止一切政治活動，他說這一措施是國家重建的先決條件。
軍事執政委員會提醒國人：1973年9月國家已瀕於內戰邊緣。軍事執政委員會在電視中播出了武器秘藏處，並發表了有關“乙計劃”的白皮書。該檔案指稱人民團結陣線領導人計劃在11月19日國家獨立慶典時暗殺一些肩負重任的軍官。一些智利人認為，左派革命運動和一些激進的社會黨人曾敦促工人們武裝起來，因此這一說法是可信的；而另外一些智利人則認為，軍方的這一說法是為推翻阿連德政府而捏造的理由。跟大多數論爭一樣，人們是根據其政治信仰、而不是根據事實得出其結論的。
皮諾切特像數十年前卡洛斯·伊瓦涅斯上校乾的那樣，向人們提出了同一個替罪羊——政治家們毀了國家。1973年人們考慮誰應對社會動盪、物資匱乏負責時，皮諾切特振振有詞地對他們說：不僅僅是人民團結陣線的政治家們、而是所有的政治家害了國家。
他將政治家同軍人作了對比，說前者“謀求私利”、後者富有愛國心，想以此爭取民眾支援他的政府。經歷如此嚴酷的衝突後，大多數智利人強烈期盼能有一個使他們和平、幸福的領導。民主聯盟的支持者們認為軍人是不二人選。他們沒有料到軍人會漠視公民權利，也沒有料到軍人會實施這樣的一種經濟政策。