用淘洗盤淘金這一非常傳統的方式逐漸被淘汰了。時至17世紀，含金的砂礫大為減少，礦主們不得不挖井開礦。智利人還逐漸開採出了銅和銀。這些礦中通常有十來個或更少的工人沿著礦脈刨挖，形成了彎彎曲曲的坑道。
他們採礦的方法很簡單，只挖富礦石，而遺棄其他所有的礦石，即使坑道和礦井狹窄，勞動條件危險，也是這麼幹。一組工人用長鐵棍搗鑿下礦石，另一組工人將其鏟進皮袋，而後揹負裝滿礦石的皮袋匆匆爬上搖搖欲墜的繩梯上到地面。
趕騾人將皮袋裝上騾背，運至礦石粉碎場。粉碎場設在河邊，用水力驅動粉碎機。粉碎後，工人們將含金或含銀的礦石用水銀及鹽混合提取貴金屬。這一加工方法稱之為汞齊法。其後的數月間定時進行攪和。數月的定時攪和後，工人們再淘洗礦石，分離出水銀；接著熔鍊礦石，而後將液態金或銀倒入條形鑄模。
水銀是種稀有、昂貴的原料，所以熔鍊時工人要儘可能多地回收以備再利用。然而工人們不知道水銀有毒，因此他們中的許多人出現了嚴重的健康問題。銅完全不同於貴金屬，熔鍊時不用那種費時的汞齊法。礦主們不管何種礦物，熔鍊後通統裝馱由騾隊將其運至港口。商人們再將其裝船運至秘魯，貴金屬鑄成硬幣，銅鍛造成青銅。商人們還非法地將這些金屬賣給非西班牙商人。
西班牙人一到智利就尋找廉價的礦工。他們首先利用委託監護制強迫馬普切人幹活。然而到17世紀，高死亡率和馬普切人的起義致使用印第安勞力已不再可行。因此礦主們建立了一種吸引梅斯蒂索人的勞動制度。他們由於沒有現錢付給工人，就用工人每天所挖礦石的一部分作為勞動補償。通常是每天息工前從礦里弄出的最後一袋礦石歸工人。工人們然後用他們的礦石同礦石粉碎場主或商人換取生活必需品。
18世紀黃金增產，聖地亞哥市政會請求國王卡洛斯三世開辦鑄幣廠。智利礦主如果能夠就地、而不是運往秘魯鑄造金幣的話，就能降低成本，而自己的貨幣必將惠及智利。
野心勃勃的企業家弗朗西斯科·加西亞·維多夫羅心氣更高，要求自己開辦一傢俬人鑄幣廠，且不用國王花一分錢。國王覺得這一要求可行，因為皇家對鑄幣廠徵收的鑄幣稅可以抵消所失去的秘魯鑄幣廠的鑄幣稅。再者，他相信：當地有家鑄幣廠，就會減少走私活動。因此，他授予了加西亞·維多夫羅所請求的特許經營權。1749年鑄幣廠開工，年均生產價值4萬至6萬美元的金幣。
鑄幣廠的業績促使國王要完全控制這一行當，遂撤銷了所授予的特許經營權。這對加西亞·維多夫羅說來，是件倒黴的事。由於當地白銀增產，政府1772年接管鑄幣廠的經營時也開始了銀幣的鑄造。因此，走私活動暫時減少了。
但由於鑄幣和鑄幣廠的其他費用高，加上礦石的定價只及實際價值的大約30%，所以礦主和商人們急欲從事走私活動。與布宜諾斯艾利斯進行貿易的機會和開往西班牙、英國及美國的商船日益增多，方便了貴金屬的走私活動。控制著貴金屬貿易的商人憑藉走私活動持續獲利。
顯然，採礦業是智利殖民地時期貿易的主軸。18 世紀 70年代：智利每年出口價值65萬美元的黃金。30年後，出口的黃金價值至少增加到了85萬美元。黃金是所有出口礦物總價值的兩倍多。大量水銀的供應，使礦主們得以提煉含銀量低的礦石，因此增加了白銀的出口。秘魯增加向智利的水銀運送量，而智利當地的一些水銀礦也開始了生產。
18世紀70年代年均白銀出口價值13萬美元，19世紀頭10年則為40萬美元，增加了三倍多。至於銅嘛，有利的銅價和運費的下降使這一礦物的利潤在18世紀下半葉持續增長。因此，18世紀70年代年均出口的銅價值12萬美元，19世紀頭10年增至20萬美元。
雖說採礦業是智利最具活力的產業，但大多數礦都不大。像墨西哥和秘魯那兒的大規模採礦活動壓根兒就沒有過。政府和礦主同業工會都想辦法要使智利的採礦業現代化。為了改進汞齊法，都督安布羅西奧·奧希金斯立約僱傭一名德國冶金學家工作五年。其他都督也同私人投資者聯手開發了三家水銀礦。為了增加炸藥的供應，奧希金斯
同意開辦了一家公營火藥廠。該廠雖然一會兒生產，一會兒停產，但還是保證了本地的供應，還有剩餘以供出口。儘管有這麼一些發展進步，但北歐的其他一些在排除礦井積水、設計坑道和熔鍊夾雜硫化物礦石等方面的革新技術未能傳到智利，委實遺憾。
礦主們經常抱怨沒處貸款，只好以低於市場價的價格將礦石賣給商人。這些被稱之為“給礦上提供資金者”的商人預先提交貨物，礦主則限期以礦石還債。為了同這些提供資金者進行競爭，政府設立了一家政府收購處和一家政府貸款處。
可惜的是，政府沒有那麼多資金提供給這兩個機構。有限的資金給了一些極有影響的礦主。拿到貸款的礦主並不總是將這些資金用於採礦活動。而舊債遲遲不還又影響了新貸款的提供。
為了對採礦加以限制和管理，西班牙在其採礦業最發達的殖民地設立了採礦同業公會和礦事仲裁法庭。一直到18世紀智利的採礦業大繁榮時，波旁王朝才在智利設立了同業公會和仲裁法庭。同業公會使礦主們得以解決許多有關其所有權和契約的爭端，而國王則希望能得到礦主們的支援。
然而同業公會的成員們覺得稅太重，往往違背國王的意願，將他們的礦物投入非法交易網。1802年以後同業公會領導層的成員雖然是國王任命的，但一些受命任職的傑出的克里奧約人領袖還是在處理礦業問題時獲得了經驗。