然而智利人具有的最大影響體現在擔任都統、都督和郡守的顧問職位上。擔任都統、都督和郡守的西班牙軍官沒有什麼民政經驗，也沒有受過法律教育。到18世紀60年代，他們可以在1758年開辦的聖費利佩大學法律專業畢業生中找到有才幹的顧問人選。這些顧問與顯貴家族有關係，影響都統或都督支援這些家族的權益。
傑出律師胡安·馬丁內斯·德·羅薩斯在都督安布羅西奧·奧希金斯擢升為秘魯總督前一直是他的顧問，並因此左右了這位都督的繼任者的選拔工作。
智利人儘管直接獲得了有關行政系統如何運轉的經驗，但沒有機會接觸到立法機構的工作情況。西班牙沒有設立一個像殖民地議會那樣的機構，好讓智利人辯論有關稅收、預算和防衛的法規。國王們頒佈所有的民法和刑法。然而有一種集體解決當地問題的機構，稱之為“市政會”。
市政會授予特許經營權，調節物價，維護地方治安。市政會成員通常不是由選舉產生的，其中有西班牙人，也有智利人。當地的一些領袖人物透過市政會獲得了處理市政事務的經驗。
3.教會改革：波旁王朝的國王們允許有更多的智利教士進入教會領導層，而同時又攻擊他們視之為的教會過度自治狀況。18世紀歐洲各天主教君主國竭力使教會接受國王的控制。
西班牙波旁王朝的國王們注意到：教士人數超過了行政官員，各教派擁有大面積的免稅地產，教會的歲入趕上了政府的稅人。智利的政府官員同帝國其他地區的政府官員一樣都清楚：教會對所有農業生產徵收什一稅，還接受許多私人地產的抵押權。除了這些財力來源外，教會還憑藉對幾乎所有學校的控制顯示其影響力。
使波旁王朝諸位國王不安的各教派中，耶穌會最具威脅性。這一教派系由原來的一名西班牙軍人伊格納蒂烏斯·德·洛約拉創立，其誓約之一為服從教皇。波旁王朝的國王們認為，這一誓約意味著耶穌會對教皇的忠誠要高於其對國王的忠誠。
1767年卡洛斯三世決定採取斷然措施消除這種對教皇的忠誠，於是下詔將所有耶穌會士趕出帝國範圍。智利都統安東尼奧·德·基爾·伊·貢薩加受命執行這一諭旨。
他雖與耶穌會士私交甚篤，但也不得不違心地將所有耶穌會士軟禁起來，關閉其學校和修道院，沒收其財產。後來他將他們驅逐到了義大利，出售或出租了他們所擁有的60處莊園。
各教派因為相互之間的爭鬥，一些教士贊同國王卡洛斯三世的舉動。他們和國王卡洛斯三世均未估計到這一舉動將對教會和國家會有何種程度的影響。半個世紀後，獨立運動開始，耶穌會士們從此不再支援舊政權。
耶穌會士們曾反對約翰·洛克、讓·雅克·盧梭和托馬斯·傑斐遜等人的現世思想，衛護西班牙帝國；此前他們還反對過馬丁·路德的思想，衛護南歐國家。他們被驅逐後，一些怨憤的耶穌會士即使遠離故士亦全力支援獨立運動。
波旁王朝國王們的改革措施很少有像驅逐耶穌會士這樣決絕的。例如，他們進行貿易改革時並未放棄重商主義，而是使其現代化，即透過補貼、保護和公共工程的建設對其進行改革，以此刺激私人企業的發展。
這一點在智利尤為明顯，波旁王朝的歷屆都統和都督都修路、開水銀礦、建火藥廠、實行徵稅新方法。其中有些措施促進了生產的發展、增加了政府的收入，但殖民地發展的原因多半是由於商人和礦主越來越多地從事了西班牙經濟體制外的活動。這些企業家悄悄地謀求更大的自由，公開宣告獨立的時機即將來到。