十分有趣的是，有關宗教問題的爭論要比經濟問題劇烈得多。自由黨的政策是政教分離，特別是有關婚姻和出生登記問題。自由黨的第三項主張是墓地世俗化。保守黨中堅定地支援教會的人認為自由黨人的提議是對神的褻瀆，是對國家天主教認同的背離。
自由黨人想要使其方案得以透過，就得在19世紀60年代形成的三黨體制中組建聯盟。激進黨與共濟會運動關係密切，是個天然盟友。激進黨吸引著積極支援國家世俗化的專業人士、一些莊園主和新富們。在複雜的三黨體制下，總統越來越難以控制自己黨派的成員了。
1874年的選舉改革允許所有能讀會寫的男丁參加選舉，並加大地方上對選舉投票進行監控的力度，從而削弱了總統對議會的控制。這一選舉改革法案透過後的四年間，選民人數增加了三倍，競選議員的人數也有所增加。一個未曾料到的結果是，競選者們為能當選花費大量個人錢財從事賄選活動。因此，競選者即使屬於總統的政黨，也不將自己的當選歸功於總統了。
政治聯盟極不穩定。自由黨分裂，一些成員與保守黨人結盟，另外一些成員則與激進黨人結盟。在爭奪政治權益時，令人十分詫異的是，一些激進黨人往往同保守黨人建立策略聯盟。儘管政黨聯盟變化多端，1881年當選總統的自由黨人多明戈·聖馬利亞還是認為他能夠拉到足夠的票數使婚姻、出生登記和墓地世俗化。
為了完成這一棘手的任務，他求助於其內政部長何塞·馬努埃爾·巴爾馬塞達。他實現了聖馬利亞的意願，但他操縱選舉、濫施政治恩惠的行徑冒犯了保守黨人、激進黨人以及一些自由黨人。聖馬利亞對他的成就進行了嘉獎，提名他為自由黨總統候選人。然而巴爾馬塞達當選後，不得不應付自己在上屆政府任職時造成的敵對情緒。
2.巴爾馬塞達的煩心事：巴爾馬塞達任總統前，曾做過20多年的議會議員，並擔任過駐外使節代表國家從事外交活動。他還具有利用傳媒和公開討論推動改革的經驗。他當選後同意了教會提名的大主教人選馬里亞諾·卡薩諾瓦，意在化解保守黨的一些敵意。他組建了一個使自由黨和激進黨團結一致的內閣，然而不到兩個月，議會就對他的內閣百般責難，迫使他改組了內閣。這是他麻煩的開始。
巴爾馬塞達上臺時正值經濟繁榮期，硝石出口，財源滾滾，政府收入從1886年的3700萬比索增加到了1890年的5300萬比索。政府的信譽高了，他決定向外國銀行借貸3000萬比索、向本國投資人借貸2300萬比索，開始規模空前的建設活動。
公共工程計有橋樑、高架橋、1000千米的鐵路、電報線路、醫院、學校、碼頭以及監獄。他使聖地亞哥面貌一新，建起了政府各部辦公大樓、一所醫學院、一所軍事學院和一所藝術學院，並開挖了一條連通馬波喬河的運河。為了協調各項工程，於1887年他新設了一個公共工程部。他還搞政治賄賂，這引起了強烈的反對，削弱了他自己的領導地位。蠅營狗苟之輩的活動促使了與反對黨的結盟、而非對黨紀的遵守。
1890年經濟衰退發生時，議會使巴爾馬塞達難有作為。議會指責他的內閣時，他怒而拒絕協商新內閣的任命問題。議會接著拒絕透過他的撥款法案。1891年1月他釋出公告宣稱：如果議會拒不透過法案，他就要動用頭年的預算了。議會還以顏色，宣佈他違憲。
議會接著又說服海軍軍官豪爾赫·蒙特接管了提供大部分國家收入的北部地區海關。巴爾馬塞達並非等閒之輩，爭取到陸軍站在了他一邊。武裝部隊的兩個兵種兄弟閱牆，委實可悲可嘆。海軍對北部地區硝石收入的掌控，加上德國軍事顧問埃米爾·科奈爾將軍為維護議會權益而進行的干預，打敗陸軍是完全沒有問題的了。巴爾馬塞達眼見大勢已去，遂避難於阿根廷使館。他在1891年9月18日任期屆滿的當天自殺。他的支持者們為他的去世而悲痛，認為他的舉動是英雄行為。
巴爾馬塞達的去世結束了一個時代。1861年至1891年，智利政府從一個沒有多少錢可花的小機構變成了一個殷實的行政當局，成了國家發展進步的火車頭。當議會議員、部長或總統，不再只是作貢獻，而是分享財富的機會了。政府薪金並不那麼吸引人，吸引人的是承包合同、回扣和法定酬金。
更為重要的是，在政府中供職者能夠輕易得到投資資訊，這就提供了許多致富的渠道。智利政府十分富裕，比起其他許多國家的政府來沒有那麼腐敗，官員們分享唾手可得的商業機遇，是可以理解的。
發展中的智利國面臨著許多挑戰。各政黨和政府部門間力量平衡的重心從總統轉向了議會。這一權力變化向中產階級和工人階級領導人提供了贏得議會議席和解決中產階級與工人階級自身問題的機會。分享權力者的人數增多了，而國家財源卻減少了。
過分對硝石的依賴使整個國家易受單一產品需求的影響。擺在面前的一個問題是：智利能否擴大政治參與和增加國家財富。