1945年8月15日 日本天皇宣佈無條件投降，我國開始審判那些罪行累累的日本戰犯，我國南京國防部軍事法庭認定：在南京大屠殺中，被害總數共30餘萬人。
1946年2月15日成立的南京審判戰犯的軍事法庭認定：日軍在南京集體屠殺有28案，屠殺人數為19萬餘人；零散屠殺有858人，屍體經慈善機構掩埋有15萬餘具。根據該判決，侵華日軍南京大屠殺的人數不低於34萬。
1946年2月15日，“中國陸軍總司令部審判戰犯軍事法庭”在南京成立，後更名為“國防部審判戰犯軍事法庭”，簡稱南京審判戰犯軍事法庭，對日本乙、丙級戰犯進行審判。法庭對南京大屠殺案進行了專案審理，南京大屠殺的首犯松井石根被遠東國際軍事法庭定為甲級戰犯，判處絞刑。南京大屠殺的主犯谷壽夫被引渡到中國，1947年4月被槍決，還有參與百人斬的向井明敏 野田毅，也被我國審判戰犯軍事法庭執行槍決。
在遠東國際軍事法庭上將開庭審判那些罪大惡極的甲級戰犯，這些甲級戰犯在我國犯下的不可饒恕的罪行，遠東國際軍事法庭審判一共28名甲級戰犯他們分別是：
序號 姓名 職務 終審結果
1 東條英機 日本總理大臣 絞刑
2 板垣徵四郎 日本陸軍大將 絞刑
3 木村兵太郎 日本陸軍大將 絞刑
4 土肥原賢二 日本特務組織 絞刑
5 廣田弘毅 日本內閣總理大臣 絞刑
6 松井石根 日本陸軍大將 絞刑
7 武藤章 日本陸軍中將 絞刑
8 荒木貞夫 日本陸軍大將 終身監禁
9 梅津美治郎 日本陸軍大將 終身監禁
10 大島浩 日本陸軍中將 終身監禁
11 岡敬純 日本海軍中將 終身監禁
12 賀屋興宣 日本大藏大臣 終身監禁
13 木戶幸一 日本內大臣 終身監禁
14 小磯國昭 日本陸軍大將 終身監禁
15 佐藤賢了 日本陸軍中將 終身監禁
16 島田繁太郎 日本海軍大臣\t終身監禁
17 白鳥敏夫 日本外交官 終身監禁
18 鈴木貞一 日本陸軍大將 終身監禁
19 南次郎 日本陸軍大將 終身監禁
20 橋本欣五郎 日本陸軍大佐 終身監禁
21 畑俊六 日本陸軍大將 終身監禁
22 平沼騏一郎 日本首相 內務大臣 終身監禁
23 星野直樹 日本國務大臣 終身監禁
24 重光葵 日本外務大臣 有期徒刑7年
25 東鄉茂德 日本外務大臣 有期徒刑20年
26 永野修身 日本海軍大將 判決前病死
27 松岡洋右 日本外交官 判決前病死
28 大川周明 日本法西斯主義之父\t免除追訴
東京審判終審判決的日期為1948年11月12日，其中永野修身於1947年1月5日病死，松岡洋右於1946年6月27日病死。大川周明靠假裝精神異常而被免除追訴。
28名甲級戰犯有七名被判處絞刑，其中南京大屠殺的元兇朝香宮鳩彥王因為他是日本皇族逃脫了軍事法庭的審判直到98歲去世。
還有發動侵華戰爭的日本天皇裕仁在美國的庇護下也逃脫了審判。
在1950年7月，還有969名關押在蘇聯遠東地區的日本戰犯被引渡到中國，送往撫順戰犯管理所接受改造，等待中國政府的審判。這批戰犯當中，不乏當年日軍要員，據全面偵訊調查，侵華期間，他們及屬下共殺害中國平民和被俘人員萬餘人，燒燬和破壞房屋萬處又萬餘間，掠奪糧食3700多萬噸、煤炭億噸、鋼鐵等金屬3000多萬噸。毛澤東訪問莫斯科，中蘇簽訂了友好同盟互助條約，同時商定，蘇聯將在押的日本戰犯和偽滿洲國戰犯移交給中國，按照新中國的法律進行處理，以宣示新中國主權國的地位和權威。移交給中國的969名日本戰犯，是蘇聯方面認定的“犯有反對中國人民的重大罪行”者。中蘇雙方的交接儀式在綏芬河鎮(今改市)機關的會客廳進行。