原本支援三好家的二條晴良在得知三好三人眾迅速從京都撤離後當場就傻眼了，他完全沒有想到三好三人眾竟然會連撤出京都的訊息都不提前告知自己，甚至也沒將織田·上杉聯軍擊敗六角家的訊息通知他。
可還沒等二條晴良帶著四個兒子以及家眷逃離京都之時，織田·上杉聯軍就已經抵達了山城清水寺一帶，並將京都周邊的道路盡數封鎖起來，使得二條一族根本無法離開京都。
而這時的朝廷，見三好軍撤離京都後，當即對二條晴良、九條稙通（女婿十河一存，九條兼孝養父，）、高倉永家（高倉永相之父，女婿九條兼孝）、高倉永相等三好派公卿進行清算，在正親町天皇的許可下，將他們的官位盡數褫奪。
而織田信長在率軍進入京都後，並沒有立即對親三好派的公卿進行懲處，反而是先命令家臣菅屋長賴與細川藤孝、一色藤長、三淵藤英、明智光秀等足利義昭麾下奉公眾一同負責制定洛中法制，並派兵護衛皇室御所以及維護京都周邊的治安。
可就在這時，身在大和的松永久秀倒是非常識相，把自己的兒子松永久通送往織田信長身邊當人質，甚至還將自己珍藏的著名茶器‘天下一振吉光’、‘九十九發茄子’獻給了織田信長，希望織田信長能從中斡旋，赦免三好義繼、松永久通二人參與永祿大逆一事。
織田信長在得到‘天下一振吉光’、‘九十九發茄子’兩樣茶器後，感到非常高興，順勢就將此事答應了下來。
畢竟在他看來，松永久秀還有很大的利用價值，若是織田家獲得了松永家的支援，那麼必然可以迅速在京畿諸國之中站穩腳跟。
說不準，織田家之後還能以松永久秀為先導役，向大和、河內、和泉、攝津、淡路等三好家控制下的領國發起侵攻。
得知松永久通已經身在織田軍陣中的足利義昭則是對此感到非常不滿，因為三好義繼和松永久通二人可是與三好三人眾一同發起永祿大逆的人，而且松永久秀作為三好家重臣、足利將軍家幕臣不可能不知道此事，他對織田信長的好感度瞬間下降了不少。
不過，足利義昭並沒有對未來感到太多的絕望，因為他還有上杉家的支援。
負責護衛自己安全的就是上杉家重臣色部勝長、齋藤朝信、直江景綱等人，這些人中不少是上杉家的譜代家臣出身，自己還能透過他們與上杉謙信、八條景定取得聯絡，若是織田信長將來對自己不利的話，還能借助上杉家的力量將織田信長討伐。
儘管織田軍在織田信長的命令下，在京都周邊豎起大量‘嚴禁濫妨狼藉’的木牌後，還是出現了擾民的現象。
隸屬上杉軍的大井滿實、大井行吉等大井一族武將所率的信濃眾可是從未見識過京都的樣子，更是極少離開出過信濃。
他們在率軍進入京都後不久，就剛好闖入最外圍九條大路附近九條稙通府中，將九條稙通府中值錢的全都打包帶走，九條稙通、九條兼孝二人只好眼睜睜看著上杉軍將家中洗劫後揚長而去，完全是敢怒不敢言。
就在大井滿實、大井行吉等人離開九條稙通府邸後不久，就迎面遇上了部分維持治安的織田軍。
而率領這支織田軍的就是厭惡上杉家的明智光秀，他先前就協助今川氏真抵禦過上杉軍的侵攻，他深知上杉家協助足利義昭上洛動機不純，並非是出於忠義之心，反而是想將版圖延伸至京畿諸國罷了。
明智光秀可不會對此坐視不管，只要朝廷、足利義昭沒有明確表示要進一步懲處親三好派的公卿，那麼上杉軍就不能擅自濫妨狼藉。
於是，他就勒令大井滿實、大井行吉等人將搶掠來的財物歸還原主。
這下大井滿實、大井行吉等人就不樂意了，他們好不容易隨色部勝長、齋藤朝信、直江景綱等上杉家重臣一同率軍出陣來到京都，總得帶上些什麼回信濃，不然的話豈不是白來了？由於大井滿實、大井行吉等人的拒絕，很快兩軍就發生了衝突。
若不是齋藤朝信、直江景綱等人在聽聞後及時率軍前來彈壓制止，說不準衝突還會進一步擴大。
弄不好織田·上杉聯軍還會不歡而散。
但此事畢竟非同小可，加上三好軍仍然在東山城的勝龍寺城一帶盤踞，對京都虎視眈眈，織田信長也不敢輕易下達裁決，畢竟眼下上杉家還是織田家的有力援軍之一，至少比不給自己面子的淺井長政要強很多。
在織田信長上報至足利義昭後，經足利義昭與色部勝長、齋藤朝信、直江景綱等上杉家重臣溝通後，就令大井滿實、大井行吉等大井一族武將率部離開京都周邊，負責駐守山城、近江境目地帶的山口城，提防六角義賢、六角義治父子以及神保茂定、保田知宗等原金吾畠山家重臣的襲擾。
值得織田·上杉聯軍慶幸的是，這時的三好家根本沒有餘力來反攻京都，反而還要應付赤井家、松永家、上杉家的多路攻勢。
就連其內部也不是鐵板一塊，儘管三好長治已經成為三好家實際上的一門總領、家督，但三好長治在穩住讃岐、阿波、淡路等國局勢後已經錯失了支援畠山政尚的最佳時機，導致河內畠山家被上杉家攻滅，紀伊一國也隨之被上杉家兼併。
作為阿波三好家重臣出身的筱原長房如今卻並沒有什麼大局觀，就算在得知織田·上杉聯軍大舉攻入近江之時，還在與鎮守在河內高屋城的三好康長（三好笑巖，三好長慶之叔，三好長逸之兄）於河內、和泉等地爭奪領地，雙方一度發起衝突。
最後還是在足利義榮、細川真之等人的斡旋調停之下才達成短暫和睦。
雖然三好康長暫時接受了足利義榮、細川真之等人的調停，但還是與三好長治、筱原長房等人結下了樑子。
隨後，三好康長就暗中與上杉家坐鎮紀伊的畠山常重取得聯絡，準備叛離三好家。
上杉謙信在與綾姬互換身份後坐鎮江戶城，以防有圖謀不軌之人趁機舉兵。
而八條景定則是與上杉氏虎、綾姬節制東國諸將，在織田信長還在近江佐和山城一帶休整之際，就率十六萬六千餘軍勢以及陣夫、水手十萬人經海路在紀伊登陸。
為了顯得上杉家此次出兵更加名正言順，景定還特意帶上了前關白近衛前久、關東公方足利賴純二人。