固守在觀音寺城的六角義賢、六角義治父子二人在得知箕作城以及和田山城陷落、吉田一門大部分陣亡的訊息後感到驚恐萬分，觀音寺城的裡裡外外更是惶惶不可終日。
這才兩軍正式交戰多長時間？三千餘守軍駐守的箕作城，才一天的時間就被織田軍攻落，和田山城的守軍更是不戰自潰了。
其實，最令六角義賢、六角義治父子驚訝的還是吉田重政。
因為吉田重政曾與六角義賢交惡，並一度出奔至朝倉家，而後經朝倉家的斡旋才重返南近江，再度出仕六角家。
按理說，吉田重政的忠誠度應該要比六角家的其他重臣低一些。
但實際上，吉田重政與率部逃離箕作城的建部秀明剛好形成反比，他反而率一門上下為六角家奮戰至力竭切腹為止。
但驚恐歸驚恐，六角義賢、六角義治父子還是趕緊下令池田景雄率三百餘軍勢再一次出城，意圖襲擾織田軍的側翼，意圖延緩織田·上杉聯軍對觀音寺城的攻擊。
結果，池田景雄在才出城不久就被坂井政尚所部擊退。
其中，坂井政尚之子坂井久藏更是在擊退六角軍的過程中表現相當活躍，獲得織田信長、足利義昭二人所賜的感狀以及太刀。
之後，織田信長就迅速將本陣移至箕作城，並下令織田軍各部準備對六角家本據觀音寺城發起猛攻。
六角義賢、六角義治父子自知難以抵禦織田·上杉聯軍的猛攻，就只好放棄本據觀音寺城逃往鯰江城，而後暫轉逃往甲賀，甚至一度逃進了伊賀國來躲避織田·上杉聯軍的追擊。
可六角義賢、六角義治父子並不知道，他們這一走就再也無法返回觀音寺城了，更無法恢復六角家在近江一國的影響力。
於是，織田·上杉聯軍就這樣兵不血刃的奪取了觀音寺城。
在六角義賢、六角義治父子放棄觀音寺城後不久，散步在觀音寺城周邊的十餘座支城兵砦很快得知了主君棄城而逃的訊息。
他們再也沒有繼續抵抗下去的信心，便紛紛向織田·上杉聯軍開城投降。
就連六角家重臣進藤賢盛、後藤高治、永原重隆、平井定武、高野瀨秀隆、高宮宗光、池田景雄、山中俊好、山岡景隆等人也先後向織田·上杉聯軍投降，並主動擔任先導役，為織田·上杉聯軍引路。
至於六角家重臣蒲生賢秀倒是在六角義賢、六角義治父子逃往甲賀後，仍然在自己的居城日野城籠城固守，準備為六角家盡忠。
不過，織田信長深知兵貴神速的道理，並不想在一座小城上浪費太多的時間，以免讓三好一族騰出手來加強在山城、河內、大和、攝津、和泉等國的防備。
於是，織田信長就派遣與蒲生家有姻親關係的神戶具盛（蒲生賢秀妹夫）前去勸降蒲生賢秀。
自知六角家眾叛親離、大勢已去後，蒲生定秀、蒲生賢秀父子二人為了家名存續所考慮，只好交出年僅十二歲、才元服不久的蒲生氏鄉為人質，向織田·上杉聯軍開城投降了。
在蒲生定秀、蒲生賢秀父子開城投降後，織田信長就讓淺井長政率五千餘軍勢入駐箕作城、觀音寺城等地，以防六角義賢、六角義治父子發起反撲。
雖然織田信長讓淺井長政來駐守南近江的箕作城、觀音寺城等重鎮要地，但這並不代表他真的完全信賴淺井長政。
在織田信長看來，淺井長政在自己上洛初期都不肯出力攻打六角家，就更別說後面與三好家交戰了。
為了避免淺井長政暗中與三好家有所往來，導致織田上杉·聯軍被切斷糧道以及退路。
織田信長只好請隨同自己出陣的足利義昭與上杉軍大將色部勝長、齋藤朝信、直江景綱、安田長秀、黑川清實等人進行交涉，希望上杉軍能分出一部分的兵力，來留守長光寺城、川守城、永原城、浮氣城等地，確保聯軍的退路以及糧道安全。
色部勝長、齋藤朝信、直江景綱等上杉軍諸將在商議了一番後，還是同意了織田信長的請求。
畢竟他們暫時與織田信長是一根繩上的螞蚱，萬一聯軍的退路以及糧道被切斷了，那麼信濃眾、飛驒眾的一萬一千餘軍勢就很難順利退回上杉領。
不久後，色部勝長、齋藤朝信、直江景綱等人就安排姊小路賴綱、江馬輝盛等飛驒眾諸將率軍一千餘留守在浮氣城；安田長秀率五百軍勢負責留守長光寺城；黑川清實率五百軍勢負責留守川守城······隨後，織田信長就率剩餘織田·上杉聯軍主力繼續向西進軍，在原六角家重臣進藤賢盛、後藤高治、永原重隆、平井定武、高野瀨秀隆等人的引路下，準備對三好一族佔據的山城一國發起侵攻。
令聯軍所有人都沒有料到的是，近江一國竟然會如此之快就平定了。
織田·上杉聯軍從正式與六角軍交戰開始算起，還不到十天的時間就將六角義賢、六角義治父子逐出了近江。
作為武家名門的六角家竟然在織田·上杉聯軍面前如此不堪一擊，實在是令人唏噓不已。
同時，在織田·上杉聯軍上洛路上的最後一個敵人也就只剩下三好家了。
可還沒等織田·上杉聯軍進入山城，佔據京都的三好三人眾在得知六角義賢、六角義治父子二人不敵織田·上杉聯軍的攻勢放棄觀音寺城逃往伊賀的訊息後，當即決定收縮防線，率軍放棄山城一國大半，並退守鄰近山城與攝津兩國境目地帶的勝龍寺城。
正所謂屋漏偏逢連夜雨。
可就在三好三人眾前腳放棄京都後不久，與三好家為敵的赤井家就開始舉兵響應織田·上杉聯軍的上洛行動，在赤井直正的率領下，接連對攝津、東山城等地發起襲擾，使得三好一族疲於奔命。
永祿十年，九月二十五日。
在得知三好三人眾放棄京都後，織田信長也是毫不客氣，直接率四萬七千餘大軍護送足利義昭進入山城，並在清水寺設定了本陣。