隨著越前一國、加賀江沼郡被上杉將軍家一舉兼併後，上杉氏虎就對協助己方攻略越前一國的平泉寺、專修寺、黑目稱名寺、勝曼寺等寺院頒下感狀，表彰他們的功績，並賞賜對這些寺院各賞賜一百兩黃金。
同時，上杉氏虎為了震懾越前、加賀兩國的一向宗信徒，就下令將搜捕到的下間賴繼、下間賴全、黑崎源五郎等石山本願寺坊官、一向一揆眾首領等二十餘人盡數押至九龍頭川南岸斬首示眾。
之後，他就將這些首級送往石山御坊外，令圍城的今川氏定派人徇首繞石山御坊一週。
這一做法其實也是一個重要訊號，那就是上杉將軍家與一向一揆眾之間已經完全不存在和平共處的可能，上杉將軍家絕不會允許國中之國的出現，更不會給予一向一揆眾休養生息、重整旗鼓的機會。
因此，上杉將軍家在兼併越前一國以及加賀江沼郡之後，就騰出手來可以再度調集大軍攻打石山御坊，計劃一勞永逸解決盤踞在南攝津的一向宗問題。
元龜二年，八月二十日。
下間賴廉、下間賴康、下間仲之、下間賴龍等石山本願寺高層因石山御坊之中糧草即將告罄，以及見城外圍城的上杉軍數量銳減後，便有了主動出擊的想法。
首先，下間賴廉就率一萬餘一向一揆軍與石山御坊西面的井伊直緒所部交戰。
井伊直緒並沒有傾盡全力與一向一揆軍交鋒，反而是率部稍稍退卻，與鄰近的朝比奈信置、朝比奈泰朝、岡部元信等部合流，共同堅守陣地，堅壁不動，使得一向一揆軍無法取得進展。
此時，今川氏定派遣飯尾連龍、加賀爪政豐等部從側翼向一向一揆軍發起突襲，意圖直接攔腰斬斷一向一揆軍。
下間賴廉見無力突破上杉軍的陣地後只能率殘部退回石山御坊之中，其反攻也以失敗而告終。
此戰之後，今川氏定為了加強石山御坊西面的防線，就從自己的領國之中調大澤基胤、小原鎮實、安井定重等將歸井伊直緒節制。
雖然下間賴廉率軍向上杉軍發起反擊失敗了，但他並不甘心，在第二天就趁著大風再度率軍出城向上杉軍發起突襲。
但這一次上杉軍有了之前的經驗，直接以大量鐵炮、大鐵炮、手銃等火器，直接對出城一向一揆軍造成重創，自常樂寺證賢、定專坊了顯、上原織部、八木駿河守、下間大進等數名一向一揆軍有力武將以下三千餘人先後喪命於上杉軍的火器之下，下間賴廉為了減少損失，只能再度退回石山御坊之中。
此時的上杉軍已經佔據了絕對的優勢。
敗退回石山御坊的下間賴廉也明白己方很難突破上杉軍在石山御坊外構建的陣地，而播磨的一向宗信徒也無法透過海路為石山御坊輸送糧草輜重。
此後，今川氏定在獲得了三門佛郎機炮後，不斷對石山御坊發起轟擊。
從八月下旬至九月中旬，這時的石山御坊已經儼然一副地獄景象——城中糧草斷絕，互相殺食，人用黃泥細者，以人油炸而食之。
雖說石山御坊已經陷入了彈盡糧絕、內外交困的窘境之中，但上杉軍依舊久攻不克。
其主要原因除了今川氏定所統轄的和泉、河內之兵在此前的連續作戰，已經較為疲憊的因素外，還有因八條景定、上杉氏虎二人為了不讓關東八國的守備空虛，將原本用於圍城的五萬餘軍勢遣返原籍。
這才導致今川氏定以疲憊之師攻石山御坊如此堅固之城，自然是困難重重。
元龜二年，九月三十日。
坐鎮京都的八條景定自然不能容忍石山御坊的戰局持續膠著，他直接下令準備西進攻打播磨的攝津守護上杉景信節制三好康長、有馬豐氏、池田直正、和田惟長等攝津諸將，以八千餘軍勢再加西近江上穴太眾（石匠團體）的後藤基國（原別所家家臣）、藤岡九兵衛等人立即南下，協助今川氏定攻打石山御坊。
而上杉景信所率的這一支生力軍抵達，成為壓死石山御坊守軍這匹駱駝的最後一根稻草。
為了儘快攻落石山御坊，今川氏定與上杉景信所部合流之後，就以穴太眾為主，對石山御坊開堀地道向御坊之中進攻。
即便守衛石山御坊外圍的出丸、西之丸、東之丸等曲輪的一向一揆軍仍然進行頑強的抵抗，但終究無力阻擋上杉軍的凌厲攻勢，先後被攻落。
上杉軍也因此突入石山御坊的寺內町（由東町、西町、南町、北町、清水町、檜屋町、青屋町等町以及所組成）之中。
由於寺內町中存在著大量溝壑、望樓，上杉軍並沒有倉促對位於寺內町中心的御影堂、阿彌陀堂進行攻擊。
也就在此時，本願寺顯如不忍石山御坊之中的信徒大量被害，就說服了下間賴廉、下間賴康、下間仲之、下間賴龍等石山本願寺高階坊官，並派遣使者，前往上杉軍本陣，向今川氏定說明石山本願寺方面願意開城並退出石山御坊，希望上杉軍能保全寺內町信徒的生命。
隨後，本願寺顯如還與下間賴廉、下間賴康、下間仲之、下間賴龍、如春尼（本願寺顯如正室）、本願寺教如等人聯名寫下誓書，並希望時任關白近衛前久能從中盡力斡旋。
鑑於石山御坊的寺內町房屋多達兩千餘間，今川氏定也擔心己方軍勢突入其中後遭遇一向一揆軍的伏擊，就將此事上報至二條城中，交由自己的父親八條景定來決斷。
對於本願寺顯如準備退出石山御坊一事，景定自然是樂於見到的。
因為，本願寺掌握了富可敵國的財富，就連葡萄牙人傳教士加斯帕·費樂拉給印度耶穌會所寫的報告之中就提到過“本願寺宗主所掌握的金銀數量甚多。
（永祿四年八月十七日）”在本願寺證如擔任法主時期，本願寺就與堺町的會合眾合作，試圖發展對明、朝鮮、琉球等周邊國家進行貿易，其經濟實力不亞於堺町。
因此，景定想盡可能的保全石山御坊的寺內町，不讓其毀於戰火之中。